Nel 1876, il capitano americano Nathan Algren si reca in Giappone per addestrare il primo esercito regolare del Paese, che fino a quel momento aveva basato la difesa dei territori sull'impiego dei samurai. Ora l'Imperatore si prepara a sconfiggere gli ultimi guerrieri rimasti con le sue nuove truppe. Ma quando Algren viene ferito e catturato dai samurai, viene profondamente colpito dai loro ideali e dal senso dell'onore che li guida...

Un vampiro di nome Saya che fa parte di un corpo di agenti sotto copertura che dà la caccia ai demoni nel Giappone post Seconda Guerra Mondiale, viene infiltrato in una scuola militare per scoprire quale dei suoi compagni di scuola sia un demone.

Taguchi, un giovane informatico, viene trovato morto nel suo appartamento. I suoi colleghi cerca di scoprire cosa possa aver spinto il loro amico a compiere un gesto tanto estremo. L'unica pista sembra condurre a un misterioso floppy, trovato nel computer di Taguchi, che contiene un virus pericolosissimo per chi lo utilizza. Altre numerose morti si susseguono, mentre c'è chi, collegandosi a internet, si ritrova su un misterioso sito in cui una voce gli propone di incontrare un fantasma. Gli eventi precipitano, strane presenze si manifestano in stanze sigillate con il nastro rosso, per l'umanità l'apocalisse della solitudine è ormai prossima.

Lasciando la sua casa di provincia, l'adolescente Mutsuko arriva a Tokyo in treno per accettare un lavoro in un'importante azienda automobilistica, ma scopre di essere impiegata in una piccola officina di riparazioni auto di proprietà di Norifumi Suzuki. L'irascibile Suzuki è in qualche modo tenuta sotto controllo dall'istinto materno di sua moglie, Tomoe, e il suo giovane figlio Ippei si lega immediatamente a Mutsuko come se fosse sua sorella maggiore. Il negozio Suzuki si trova quasi all'ombra della Tokyo Tower mentre si erge costantemente sopra lo skyline durante la costruzione nel 1958.

Kamui è un ninja in fuga dal mondo dei ninja vincolato da regole alla ricerca della vera libertà. Tuttavia, è gravato dal destino, dove non è permesso portare il segreto dei loro poteri al di fuori della tribù: se nasci come ninja, devi morire come ninja. Questo lo porta a combattere costantemente per la sua vita contro altri ninja che cercano di ucciderlo e nascondere i segreti all'interno. Non si fida e non ama. Mostrare debolezza porta alla morte immediata. Un incidente lo porta in un vecchio villaggio di pescatori, dove finalmente inizia a provare fiducia e affetto verso le altre persone. Tuttavia, i suoi inseguitori erano a pochi minuti dall'aver creato un'enorme trappola su Kamui...