La storia ha come protagonista una ragazza di 17 anni, Suzume, che vive in una tranquilla cittadina del Kyushu. Un giorno incontra un giovane viaggiatore che sta cercando una misteriosa "porta" e decide di seguirlo. Proprio la ragazza scopre l'esistenza di un vecchio portale tra le rovine delle montagne. La leggenda narra l'esistenza di diverse porte collegate tra loro in tutto il Giappone e che la chiusura di una di esse porti terribili sciagure.