La storia continua con i conflitti degli studenti, l'identità di Koro Sensei e il destino del mondo. Il limite di tempo per l'assassinio si avvicina.

Una misteriosa creatura distrugge il 70% della luna. La creatura quindi avverte che se non verrà distrutto entro marzo del prossimo anno, la Terra sarà la prossima. La creatura richiede anche che diventi l'insegnante di homeroom per la classe E di terza elementare alla Kunugigaoka Junior High School. Il governo è impotente a dire di no. La creatura diventa quindi l'insegnante della scuola materna della classe E di terza elementare che consiste di studenti falliti tra cui Nagisa Shiota. La creatura si chiama Insegnante Koro. Nel frattempo, il governo chiede agli studenti di tentare di uccidere il Maestro Koro anche se possiede dei super poteri. Il governo offre una ricompensa di 10 miliardi di yen a chiunque lo uccida con successo. Gli studenti sono confusi dalla situazione, ma decidono di uccidere il Maestro Koro. Quando la loro lezione inizia con l'insegnante Koro, gli studenti si ritrovano a divertirsi con il loro nuovo insegnante.

Shun Takahata si è appena lamentato della sua vita, noiosa e uguale a se stessa, quando la mattina, in classe, la testa del professore esplode e al suo posto compare un gioco parlante e assassino (il Daruma ga koronda, "Daruma è caduto"), una versione mortale di "Un, due, tre, Stella" che miete una vittima dopo l'altra, lasciando un solo vincitore per aula. Non c'è tempo per domandarsi cosa stia succedendo, ma solo per prepararsi al secondo gioco, altrettanto infantile e sterminatore