Amu Hinamori frequenta la scuola elementare ed è isolata e molto fredda con i compagni, ma in realtà è semplicemente troppo timida per riuscire a dialogare con gli altri senza dire frasi poco gentili a causa dell'imbarazzo. Una sera, stanca di questo carattere falso, prega di poter diventare una ragazza più sincera, e la mattina dopo trova sul suo letto tre uova, le Uova del Cuore, dalle quali nascono gli Shugo Chara Ran, Miki e Suu. Gli Shugo Chara sono degli esserini magici antropomorfi, rappresentanti le diverse personalità che Amu vorrebbe avere, e che sono in grado di cambiare la sua personalità in qualsiasi momento attraverso il Chara Change. Amu scopre che anche altri ragazzi nella scuola hanno degli Shugo Chara: si tratta dei quattro Guardiani, membri del consiglio scolastico e coetanei di Amu, amati e rispettati da tutti gli studenti. I Guardiani spiegano ad Amu che il loro lavoro consiste nel curare le Uova del Cuore presenti nel cuore di ogni bambino, in quanto esse tendono a trasformarsi nelle Uova X se il possessore subisce un trauma, e finiscono per distruggerne i sogni. Le viene inoltre raccontato che, secondo una leggenda, colui che avesse posseduto tre Shugo Chara avrebbe ereditato il leggendario Lucchetto Magico, in possesso proprio di Amu. Con l'aiuto dei Guardiani, Amu inizia la battaglia contro l'associazione Easter che, per catturare l'Embrione, un uovo magico che realizza i desideri, attacca le uova dei bambini.

In un futuro non troppo distante, nell'Oceano Pacifico comparirà un gigantesco tornado, il Grand Roar, che porterà ad alcuni cambiamenti climatici nelle zone circostanti e all'impossibilità di viaggiare per via aerea. Per questo, nascerà una sorta di seconda era navale, con le varie nazioni del mondo che per commerciare e viaggiare torneranno a usare le rotte marittime. Ciò porterà anche al rifiorire della pirateria, e quindi alla nascita di un discreto numero di compagnie di sicurezza privata. Le protagoniste dell'anime sono le ragazze che fanno parte della flotta della Pascal Magi, avanzatissima nave che ha a bordo una ciurma composta di sole donne; questo almeno fino all'arrivo a bordo del fratello della bella capitana.

In un’epoca futura (ma con tecnologia medievale), caratterizzata da estenuanti ed infinite guerre di potere tra regni confinanti, in una sorta di mondo nel quale le persone hanno orecchie canine e lunghe code (la guerra è per gli animali), un uomo, dal volto parzialmente celato a causa di una maschera metallica impossibile a togliersi, si risveglia in uno sperduto villaggio di contadini senza ricordare più nulla circa la sua identità e passato. Qui, viene accudito da Eruru, una aspirante guaritrice rimasta orfana, Aruru, sorellina più piccola e schiva e dalla loro nonna. Benché nel villaggio inizialmente tutti lo guardino con un certo scetticismo, ben presto l'affetto della nuova famiglia, la sua indole al comando, il suo coraggio nell'aiutare gli abitanti nel momento del pericolo lo faranno ben volere da tutti. Ma rimane da capire chi o cosa esso sia in realtà..

Dopo aver perso i genitori in un incidente stradale di ritorno da una gita di famiglia, Teppei Arima viene adottato dal nonno Isshin, che gli impone di diventare il suo successore a capo dell’Arima Group Corporation. Per prepararsi al suo debutto nell’alta società, Teppei comincia così a frequentare la Shuuhou Gakuen, una scuola per ragazzi di buona famiglia, dove incontra quattro ragazze....

Manji è un abile rōnin che ha compiuto l'omicidio di cento samurai e ricercato così dai soldati dello shōgun. Lo spadaccino però è infestato dal verme kessenchu, un parassita che vive in simbiosi col suo corpo e che blocca il naturale processo di decadimento del corpo ed ha inoltre la capacità di rigenerare qualunque tipo di ferita inflitta al corpo dell'ospite. Per liberarsi da questa maledizione Manji deve uccidere mille uomini che hanno compiuto atti criminali.

Venus Versus Virus ruota attorno alla vita di una giovane ragazza di nome Sumire Takahana che ha avuto il potere di vedere i fantasmi sin da quando era piccola, nonostante nessuno le crede. Una notte mentre corre verso il suo dormitorio per fare il coprifuoco, una spilla vola fuori dal nulla e lei ci punge un dito e vede un demone. All'improvviso, un'altra ragazza vestita con abiti da gothic lolita arriva con un'enorme pistola e uccide il demone. Una volta che il calvario è finito, la ragazza dà a Sumire un volantino per un negozio di abbigliamento locale, Venus Vanguard. Quando Sumire arriva al negozio, la ragazza, il cui nome è Lucia Nabashi, le spiega che poiché ha puntato il dito sulla spilla di Lucia, Sumire ora ha il potere di vedere i demoni così come i fantasmi. Inoltre, Lucia ora vuole che Sumire la aiuti a liberare il mondo da questi demoni chiamati Virus che minacciano di consumare tutta l'umanità.

Yuuichi è uno studente delle superiori che deve trasferirsi in una città dove, fino a sette anni prima, era solito passare dei brevi periodi di vacanza. Inspiegabilmente il ragazzo sembra non avere più alcuna memoria delle persone che aveva conosciuto in quei luoghi; ben presto, però, entrerà in contatto con diverse ragazze, tutte collegate in qualche modo al suo passato, e interagendo con loro i ricordi dimenticati della sua infanzia riemergeranno.