Squadra speciale Lipsia ruota attorno a quattro agenti, parte di una squadra speciale della polizia, che intervengono nelle situazioni più critiche e pericolose. Alla guida del nucleo operativo c'è il commissario capo Hajo Trautzschke, intelligente e caparbio, che ha perso la moglie in un incidente e vive in una villetta alla periferia di Lipsia con la figlia Leni. Jan Maybach, funzionario del Dipartimento Federale della Polizia Criminale di Colonia, è un profiler che si trasferisce a Lipsia dopo la separazione dalla moglie Anja con il figlio di nove anni Benni. Ina Zimmermann, fredda e determinata, si prende cura del fratello minore Tobias dopo la prematura morte dei genitori, mentre il commissario Miguel Alvarez, entrato in squadra per ultimo, ha scarsa esperienza e affronta i casi impulsivamente

Si raccontano le vicende del gruppo di polizia "distretto 21" di Amburgo, in preda ai casi più difficili e sconvolgenti.

La famiglia Martin, di Berlino, si arricchissce di un nuovo membro. il simpaticissimo Charlie, uno scimpanzè che ben presto ne combinerà di tutti i colori. Quando il dottor Martin muore il suo posto nell'ambulatorio viene preso dal Dottor Max Henning. Non passa molto tempo che il dottor Max si accorga di Michaela e se ne innamora. Purtroppo anche Michaela muore e Max si rifà una vita con la bella Maren Waldner. Maren ha due figli da un precedente matrimonio, Conny e Gregor.

Al poliziotto di Lindau (Germania) Micha Oberländer viene affiancata la collega austriaca Hannah Zeiler per indagare su una serie di omicidi avvenuti tra Germania e Austria in alcune località che si affacciano sul Lago di Costanza: dopo la soluzione del primo caso, i loro superiori decidono che i due, che mal si sopportano, d'ora in poi faranno coppia fissa.