El Topo decide di affrontare Maestri guerrieri in un viaggio trans-formativo nel deserto che inizia con suo figlio di 6 anni, che deve seppellire i suoi totem d'infanzia per diventare un uomo. El Topo (la talpa) afferma di essere Dio, mentre si veste da pistolero in nero, cavalcando un cavallo attraverso un paesaggio spirituale mistico disseminato di vecchi film western e antichi simboli religiosi orientali. I banditi hanno massacrato un villaggio sul suo cammino, così El Topo vendica il massacro, poi con la forza prende la donna del suo capo Mara come sua. La via surreale di El Topo è sanguinaria, sessuale e auto-riflessiva, medita sui suoi stessi demoni, mentre cerca di sconfiggere quelli che incontra.

Andrès è il proprietario di un palazzo in disarmo che vuole demolire ma prima deve liberarsi dei suoi inquilini, quindi assolda Pedro, un uomo rude che lavora in una macelleria. La sua collega è Paloma, moglie di Andrès, una bella donna attratta dall'energia di Pedro. Una notte, mentre Pedro sta facendo un giro intorno all'edificio per spaventare gli inquilini, uno di loro lotta con lui ma sfortunatamente cade e muore...

Nazarin è un poveraccio che vive di elemosine nel Messico prerivoluzionario. Ma è qualcosa di più del solito peone emarginato: a suo modo è un profeta, un idealista che cerca di realizzare in terra l'ideale di bontà e di carità di Cristo. Ma gli van tutte male. Dopo umiliazioni e batoste, viene condannato e mandato al patibolo.