Il film è ambientato 25 anni dopo gli eventi di Pomodori assassini (denominato la Grande Guerra del Pomodoro nel film). Questi ortaggi sono stati completamente banditi e molti sono ancora terrorizzati dall'esperienza. Uno scienziato pazzo, il Prof. Cancrena (che si scoprirà essere l'artefice dei pomodori del primo film) è intenzionato a conquistare il mondo mediante una speciale macchina in grado di mutare i pomodori in esseri umani. Tra le creazioni vi è Tara, volendone fare sua amante. Ma la donna fugge assieme a FT, un pomodoro peloso frutto di un errore genetico e maltrattato dal professore. Tara s'innamorerà di Chad, un ragazzo che consegna pizze e ignaro delle origini della donna, ma il Prof. farà di tutto per riaverla accanto e attuare il suo piano malvagio.

Il genere umano si trova improvvisamente attaccato da pomodori senzienti, decisi a conquistare il mondo. In seguito al fallimento di tutti i tentativi di debellare la minaccia da parte del governo statunitense, il detective Mason Dixon (David Miller) scoprirà che i pomodori non sopportano una canzone, dal titolo Amore in pubertà, in grado di indebolirli e metterli in fuga, e in virtù di ciò riuscirà a porre fine all'invasione.