La storia prende spunto da un fatto di cronaca realmente accaduto in Giappone e narra di alcuni personaggi , tutti imparentati con i componenti di una setta, che dopo avere provocato una carneficina avvelenando gli acquedotti, si tolgono la vita in un suicidio di massa. I protagonisti si ritrovano come ogni anno in occasione dell'anniversario sulle sponde di un piccolo lago dove le ceneri dei loro cari sono state disperse. Per un inconveniente banale quella che doveva essere una semplice scampagnata si trasforma in una giornata e una notte di profonde riflessioni e di verità scoperte, anche grazie alla presenza di uno degli apparteneneti alla setta, all'ultimo minuto scampato per sua scelta alla morte.

In Giappone è una giornata tranquilla quando uno strano incidente in una baia diffonde il panico tra i funzionari governativi. In un primo momento, si sospetta che si tratti solo di normale attività vulcanica ma un giovane dirigente crede che vi sia dietro qualcos'altro. I suoi incubi peggiori prendono vita quando un enorme mostro emerge dalle profondità marine e inizia a distruggere tutto ciò che incontra lungo il suo cammino. Mentre il governo tenta di tutto per salvare le persone, una squadra di volontari cerca di capire i punti deboli della creatura e i suoi misteriosi legami con una superpotenza straniera.

Nel film, che lancia un importante messaggio ecologista, il protagonista affronta un pericoloso viaggio alla ricerca di sua madre, l’ape regina, rapita dalle vespe. La strada sarà lunga e faticosa, ma il piccolo Magà farà la conoscenza di nuovi amici che impareranno da lui la tenacia, la fedeltà e il coraggio.

Alla morte del Taikō Hideyoshi Toyotomi, il designato erede era Hideyori, figlio della concubina Yodogimi (nipote di Oda Nobunaga). Nel 'Consiglio dei Cinque Reggenti', nominato da Hideyoshi, c'era anche Ieyasu Togugawa, la cui mira era di assumere il comando del Giappone ormai unificato da Hideyoshi. Ishida Mitsunari, con l'amico Maeda Toshiie, cercavano di tenere a freno le sue brame, ma Maeda Toshiie morì, e Mitsunari subentrò al suo posto nel 'Consiglio dei Cinque Reggenti'. Le reciproche insofferenze, portarono Mitsunari e Ieyasu ad uno scontro sempre più palese, nel quale funrono coinvolti i daimyō, che si schierarono per l'uno o per l'altro, mossi da intenti più o meno nobili, ma che finirono inevitabilmente per confluire nella più colossale battaglia della storia del Giappone.

La guerra tra i clan Sanno e Hanabishi, entrambi appartenenti alla Yakuza, è vinta dai secondi. Otomo è quindi costretto a lasciare il Giappone. Tornerà anni dopo per risolvere, una volta per tutte, i conti lasciati aperti.

La polizia di tutto il mondo è sulle tracce di Kira, un personaggio misterioso che decima criminali da tutto il mondo. Light Yagami, il vero Kira, è un universitario modello, molto intelligente, che vuole seguire le orme del padre ed entrare in polizia. Accedendo alle informazioni segrete della polizia coi dati del padre, scopre quanto debole sia la "giustizia" delle leggi, in quanto un'infinità di criminali è ancora in libertà per mancanza di prove o prescrizione. Deluso dalle istituzioni, trova a terra un libro nero dal titolo "Death Note", che riporta un'inquietante serie di regole sul suo utilizzo stampate all'interno, la prima delle quali afferma che la persona il cui nome viene scritto sul quaderno morirà.Decide allora di mettere alla prova il quaderno scrivendo il nome di un criminale ed ottiene conferma della sua efficacia. Light accetta la responsabilità di questo potere e decide di usarlo per uccidere tutti i criminali e creare un mondo migliore.

Misa Amane, entrata in possesso del Death Note, inizia a imitare "Kira" di cui è una fan.Light Yagami, entrato a far parte del gruppo di ricerca di Kira, capisce che un simile alleato può fargli comodo per uccidere L, che continua a sospettare la sua colpevolezza. Misa riesce a trovare Light e gli chiede di fidanzarsi, assicurandogli pieno sostegno. Proprio quando Misa riesce a vedere L di persona, scoprendone il vero nome, questo la fa rapire e segregare (avendo rinvenuto le prove che ella è il secondo Kira). Dopo diversi giorni di reclusione, ormai allo stremo, Misa chiede a Rem di ucciderla e la dea della morte la fa rinunciare al Death Note in modo da farle dimenticare di esser stata Kira. Rem riferisce poi a Light l'accaduto, ordinandogli di salvare la ragazza. Egli si fa allora internare, al fine di dimostrare di non poter essere Kira, dopodiché rinuncia anch'egli al quaderno.

La storia ruota attorno a una madre di nome Nikuko e sua figlia Kikuko. Entrambe vivono sulla stessa barca a causa di circostanze diverse. La vita quotidiana sotto questo ombrello li porterà a vivere diversi tipi di problemi ed esperienze che li aiuteranno a crescere come famiglia.