Nella città di Karakura, spiriti non identificati iniziano ad apparire in massa. Cercano di affrontare questa invasione Ichigo Kurosaki e Rukia Kuchiki e nel frangente incontrano Senna, una misteriosa Shinigami che distrugge la maggior parte di loro con la sua furia. Senna rifiuta di rispondere a qualunque domanda, forzando Ichigo Kurosaki e compagna nell'inseguimento cercando di comprendere chi sia.

Nel passato di questo pianeta sono fiorite e si sono estinte grandiose civiltà. Alcune di queste hanno lasciato eredità sepolte ed a noi ignote: artefatti con grandi poteri tali da poter, se rinvenuti, intaccare gli equilibri del nostro pianeta. Per trovarli e sigillarli prima che vengano sfruttati è stata creata l'organizzazione ARCAM, la quale si affida a un gruppo di soldati di élite chiamati Spriggan. Uno di questi è Yu Ominae, combattente fenomenale, fornito di un'armatura, realizzata con una lega speciale, in grado di moltiplicare la sua forza e la sua agilità. Lo spunto per le vicende narrate nel film sarà dato dal ritrovamento dell'Arca di Noè, artefatto che si preannuncia con un potenziale distruttivo davvero inquietante... e ovviamente ad esso non sarà interessata solo l'ARCAM...