La sfida di Naruto per rivendicare il suo onore ha inizio! Naruto è accusato di un grave crimine che non ha commesso e per questo viene incarcerato nella prigione di Hozuki Castle. Nonostante il guardiano, temendo la sua fuga, abbia preso le massime misure di sicurezza, Naruto non demorde e cerca di liberarsi anche con il sostegno morale di due carcerati Ryuzetsu e Maroi con i quali ha stretto amicizia. Riuscirà Naruto nell'impresa?

Giappone, fine anni '50. Akira è un ragazzino come tanti, ingenuo e serio. Gon è il capo. Hakase è un genio. Una primavera, arriva a scuola una nuova insegnante di musica. Tutta la classe decide di partecipare a una gara canora indetta dalla scuola. Tuttavia, alcuni ragazzi sono sorpresi a taccheggiare e l'intera classe è costretta a ritirarsi dalla gara...

Jigen viene intervistato per sapere come è avvenuto il suo primo incontro con Lupin III e il resto della banda. Jigen le racconta la vicenda che li ha fatti unire, ma ad un certo punto, con l'arrivo degli altri tre protagonisti, il pistolero se la da a gambe, lasciando la giornalista in dubbio sulla veridicità delle informazioni ricevute.

Lupin III questa volta è intenzionato a rubare un frammento di un UFO schiantatosi a Roswell e ora custodito nell'Area 51, fatto di un materiale sconosciuto molto resistente. È però ostacolato da Zenigata e dalle "bloody angels", moderne amazzoni assassine. Durante la storia Sophie, una delle bloody angels, si innamora di Lupin e quindi decide di aiutarlo. Purtroppo Sophie viene in seguito uccisa da Emily, giovane collega di Zenigata. Quest'ultima in seguito rivela, dopo essere stata scoperta da Lupin, di essere il capo delle bloody angels e di aver usato sin dall'inizio Zenigata per avere il frammento di metallo originale. A quel punto, Lupin e Zenigata si alleano, combattendo, insieme a Jigen, Goemon e Fujiko, contro le malvagie donne. Dopo una lunga lotta, Lupin uccide Emily, rubandole il metallo originale e vendicando Sophie.