Il pianeta Terra, ormai abbandonato da centinaia d'anni da una popolazione troppo numerosa per contenerlo, è diventato un luogo inviolabile e quasi sacro, mantenuto tale con pugno di ferro e fermezza militare dalla coalizione Gaia. Ad essa si contrappone Capitan Harlock e la sua ciurma a bordo dell'Arcadia, a cui si è appena aggiunto un nuovo elemento: Logan, fratello dell'ufficiale disabile Ezra e dunque infiltrato di Gaia dentro l'armata di Harlock con il compito di uccidere il capitano. Quando però Logan capirà qual è l'ideale che muove Harlock, che ha sempre percepito come un nemico, sarà pronto a schierarsi con lui contro il fratello, il quale lo accusa di aver causato la sua disabilità.

Un giovane Kentaro Saeki (Haruma Miura) continua a fallire il suo test universitario e non sa più cosa fare. Sua sorella maggiore Keiko è una scrittrice freelance. Kentaro e Keiko iniziano a cercare informazioni sul nonno Kyuzo Miyabe (Junichi Okada) morto nelle forze speciali durante la seconda guerra mondiale. Il loro nonno Kyuzo Miyabe era terrorizzato dalla morte e ossessionato dalla vita. Perché si è unito alle forze speciali? Secondo i suoi compagni soldati della marina, Kyuzo Miyabe era un genio e anche un codardo. Kentaro e Keiko scoprono poi la scioccante verità che è stata nascosta per 60 anni.

L'umanità vive raggruppata in una fortezza per proteggersi dai Titani, mostri giganteschi e mangiatori di carne umana.

Pur avendo sconfitto Serizawa, la lotta per la conquista del Suzuran non è finita per Genji. Inoltre, a complicare le cose, subentra il desiderio di vendetta del clan rivale Hosen, contro il quale si preannuncia uno scontro all'ultimo sangue. Il primo ep