Squadra speciale Lipsia ruota attorno a quattro agenti, parte di una squadra speciale della polizia, che intervengono nelle situazioni più critiche e pericolose. Alla guida del nucleo operativo c'è il commissario capo Hajo Trautzschke, intelligente e caparbio, che ha perso la moglie in un incidente e vive in una villetta alla periferia di Lipsia con la figlia Leni. Jan Maybach, funzionario del Dipartimento Federale della Polizia Criminale di Colonia, è un profiler che si trasferisce a Lipsia dopo la separazione dalla moglie Anja con il figlio di nove anni Benni. Ina Zimmermann, fredda e determinata, si prende cura del fratello minore Tobias dopo la prematura morte dei genitori, mentre il commissario Miguel Alvarez, entrato in squadra per ultimo, ha scarsa esperienza e affronta i casi impulsivamente

La serie è ambientata a Berlino in un'unità fittizia della capitale tedesca chiamata LKAS che funziona in modo indipendente, tenta di chiarire la sorte delle persone scomparse di recente; l'ispettore capo Oliver Radek, la detective Mina Amiri e il commissario Sandra Reiß formano una squadra di investigatori.

Senza testimoni, senza tracce e senza cadavere, Josy, la figlia tredicenne del noto psichiatra Viktor Larenz, scompare in circostanze inspiegabili. Due anni dopo, appare una donna misteriosa. La donna costringe Viktor ad affrontare la scomparsa della figlia e lo spinge ai suoi limiti mentali.