Bruce Wayne, alias Batman, è impegnato nella crociata contro il crimine che invade le strade della sua città: Gotham City. Nonostante salvi numerosi civili e aiuti spesso la polizia tutti quanti dubitano di lui e hanno paura di incontrarlo. Ad aiutare Batman ci saranno però il suo maggiordomo Alfred Pennyworth, il commissario James Gordon e Robin. Sulla loro strada compariranno numerosi nemici storici di Batman come Man-Bat, il Joker, lo Spaventapasseri, Poison Ivy, Due Facce, il Pinguino, Mister Freeze, Catwoman, l'Uomo d'argilla, Harley Quinn, Killer Croc e il Cappellaio Matto.

La storia ruota intorno alle avventure di Darkwing Duck, un papero supereroe mascherato, alter ego del casalingo cittadino Drake Mallard, che vive nella città di St. Canard, in compagnia del pilota Jet McQuack, della piccola Ocalina e Tonnaso Parapiglia, figlio dei vicini di casa dei Mallard. Nel corso degli episodi, Darkwing cerca sempre di sistemare dei vari cattivi che minacciano la città, in particolare i "Cinici Cinque", composta dal suo gemello cattivo Negaduck, il topo elettronico Megavolt, Clorofix un essere metà papero e metà pianta, Quackerjack il papero pagliaccio e il cane acquatico Liquidator, e infine l'agente segreto dell'organizzazione criminale F.O.W.L., il gallo Becco d'Acciaio. Darkwing s'innamorerà della strega Morgana McCawber, una dei membri dei "Paperi della giustizia", composta da lei, Robopap, Stego il papero trasformato in stegosauro, e la pesciolina Neptunia; inoltre è anche un agente segreto dello S.H.U.S.H., un'agenzia governativa per salvare la città.

In un lontano futuro, gli esseri umani si sono sparsi nel cosmo e hanno colonizzato pianeti in tutto l'universo dando vita ad una vera e propria "Nuova Frontiera". Al fine di proteggere gli abitanti di questo avamposto (chiamati "coloni"), viene creato il "Comando di Cavalleria", un'organizzazione militare che ha il compito di mantenere la legge e l'ordine. Il nemico principale del Comando di Cavalleria è la razza dei "Dimensionali", creature eteree provenienti da un'altra dimensione che hanno assaltato la Nuova Frontiera al fine di conquistarla, attaccando i coloni e distruggendo gli insediamenti dei vari pianeti. I Dimensionali sono dotati di una tecnologia bellica notevolmente superiore a quella umana, in grado di sbaragliare facilmente la flotta del Comando di Cavalleria. In risposta a tale minaccia, il Comando di Cavalleria sviluppa un prototipo di nave spaziale denominata "Rombo" (Ramrod), che ha la capacità di trasformarsi in un potente robot in grado di rivaleggiare ad armi pari con i robot da combattimento dei Dimensionali. Per controllare Rombo e combattere sul campo i Dimensionali viene creata l'unità speciale degli Sceriffi delle Stelle, formata dall'Ufficiale di cavalleria Spada d'Argento, dal pilota di auto da corsa Lampo, dal cowboy cacciatore di taglie Colt e da April, la figlia del comandante della Cavalleria.

Ambientata nell'immaginaria Dakota City, la serie ha come protagonista Virgil Hawkins, un teenager afroamericano che - nel corso di un evento noto come Big Bang - viene esposto a un mutagene sperimentale che gli dona il potere di controllare e manipolare l'elettricità. Con l'aiuto del compagno di scuola e amico Richie Foley (che diventerà Gear dalla terza stagione in poi) il giovane supereroe combatterà i criminali metaumani che minacciano la sicurezza della sua città.

Il cartone animato è incentrato su una squadra di eroi che operano da una stazione spaziale nel prossimo futuro. I “Centurions”: Max Ray, Jake Rockwell e Ace McCloud vengono costantemente teletrasportati sulla Terra per combattere Doc Terror e le sue orde di Cyborg.

Precipitato sul pianeta Mongo in compagnia della bella Dale Arden e del Dottor Zarkov, Flash Gordon comincia il suo viaggio per terre aliene e fantastiche, attraversando le foreste del regno di Arboria, i ghiacci del regno di Frigia, la città sospesa degli Uomini-Falco, e altri magici e bizzarri reami. Al suo fianco si uniranno presto amici o alleati, come Thun, l’Uomo-Leone, e Barin, principe di Arboria, tutti uniti da un obiettivo comune: sconfiggere Ming il Crudele, lo spietato tiranno del pianeta Mongo.

She-Ra, la sorella gemella di He-Man, sta guidando un gruppo di combattenti per la libertà conosciuti come la Grande Ribellione nella speranza di liberare il loro mondo natale di Etheria dal dominio tirannico di Hordak e dell'Orda del Male.

Bruce Wayne, alias Batman, è impegnato nella crociata contro il crimine che invade le strade della sua città: Gotham City. Nonostante salvi numerosi civili e aiuti spesso la polizia tutti quanti dubitano di lui e hanno paura di incontrarlo. Ad aiutare Batman ci saranno però il suo maggiordomo Alfred Pennyworth, il commissario James Gordon e Robin. Sulla loro strada compariranno numerosi nemici storici di Batman come Man-Bat, il Joker, lo Spaventapasseri, Poison Ivy, Due Facce, il Pinguino, Mister Freeze, Catwoman, l'Uomo d'argilla, Harley Quinn, Killer Croc e il Cappellaio Matto.

Batman e Superman si trovano ad investigare su strani fatti avvenuti nei laboratori Star, e trovano un J'onn J'onzz tenuto prigioniero dai federali grazie a visioni premonitrici di Superman (indottegli dallo stesso marziano). Grazie ad esso scoprono di un complotto orchestrato da un gruppo di alieni mutaforma per conquistare il mondo, nella battaglia contro di loro si uniscono ai tre anche Flash (già comparso in un episodio di Superman), John Stewart, l'Alata e Wonder Woman (i quali invece esordiscono in questa serie). Grazia all'unione delle loro conoscenze e dei loro poteri i sette supereroi riescono a scongiurare la minaccia planetaria e, da allora decidono di lavorare insieme col nome di Justice League.

La serie comincia dopo circa tre anni dalla fine di "Batman - The Animated Series", e vede il Cavaliere Oscuro continuare nella sua incessante lotta contro il crimine accompagnato da Batgirl, Barbara Gordon. Al suo fianco non c'è più Dick Grayson che qualche tempo prima aveva deciso di abbandonare i panni del "ragazzo meraviglia" al termine di una violenta discussione con Batman. L'ormai ex Robin ritorna a Gotham City ad inizio serie, dopo una lunga assenza per addestrarsi, nelle vesti dell'eroe indipendente Nightwing. Questo opera principalmente a Blüdhaven, ma nonostante tutto lo si vede diverse volte al fianco di Batman a Gotham. I panni di Robin verranno raccolti dal giovane Tim Drake, ladruncolo divenuto orfano in seguito all'uccisione del padre da parte di Due Facce. Tim aiuta Batman ad affrontare Due Facce e, dopo diversi tentativi, riesce a convincerlo di essere degno di portare il mantello di Robin.