Fullmetal Alchemist si concentra su un rituale alchemico andato storto che porterà Edward Elric a perdere un braccio e una gamba e il fratello Alphonse l'intero corpo diventando un'anima imprigionata in un'armatura. Come vediamo nel trailer, Alphonse dotato di arti meccanici "automail" diventa un Alchimista di Stato, cercando l'unica cosa che può restituire il corpo a suo fratello, la leggendaria Pietra Filosofale.

Hiwa Natsunagi è una studentessa delle superiori che vive nella città di Iwaki, nella prefettura di Fukushima. Preoccupata per cosa fare della sua vita dopo la laurea, vede un poster per Spa Resort Hawaiians, le "Hawaii di Tohoku", il luogo in cui lavorava sua sorella Mari, e fa domanda per la loro nuova campagna di ballerina (hula girl) per capriccio.

Quando una figura misteriosa inizia a prendere di mira gli Alchimisti di Stato per i loro peccati contro Dio, l'Alchimista Edward Elric e suo fratello Alphonse sono più vulnerabili, mentre gli omuncoli iniziano a svelarsi ancora una volta.

Il lungo e tortuoso viaggio dei fratelli Elric si conclude in questo epico finale, in cui devono affrontare una minaccia ultraterrena e nazionale.