Krypton segue le vicende di Seg-El, nonno di Kal-El/Superman, la cui famiglia è stata ostracizzata e messa in imbarazzo. Seg-El deve lottare per riabilitare il proprio nome e salvare i suoi cari dal caos. Nel contempo dovrà anche cercare di prevenire la distruzione del proprio pianeta Krypton dalla minaccia costituita da Brainiac, il collezionista di civiltà.