In Spongebob Fuori dall'Acqua, per la prima volta, SpongeBob, la spugna di mare più amata al mondo, salirà in superficie per intraprendere l'avventura più "supereroica" di sempre. La vita a Bikini Bottom non potrebbe essere migliore per l'eterno ottimista SpongeBob ed i suoi amici: la fedele stella marina Patrick, il sardonico Squiddi, la scoiattola scienziata Sandy ed il crostaceo capitalista, Mr. Krabs. Quando la ricetta segreta del Krabby Patty viene rubata, gli eterni nemici, SpongeBob e Plankton, dovranno unire le proprie forze ed affrontare un viaggio attraverso lo spazio ed il tempo per poter sfruttare i loro superpoteri ed affrontare il diabolico pirata Barba Burger (Antonio Banderas), che ha i propri piani per le squisite prelibatezze. Il film è basato sulla serie Nickelodeon con il più alto successo di ascolti nella storia del network ed un fenomeno internazionale che continua da oltre un decennio.

Durante uno dei loro giri di raccolta di roba scartata da altri, Sonny e l'amichetto Sam incrociano la strada di Slappy, un malvagio pupazzo parlante. Desideroso di avere una famiglia tutta sua, Slappy metterà in atto un diabolico piano sfruttando le possibilità offerte dalla festa di Halloween.