Anni dopo gli orrori di Raccoon City, Leon e Claire sono travolti da un oscuro complotto quando un attacco virale colpisce la Casa Bianca.

Beast Wars è ambientata in una continuity intermedia tra l'inizio e la fine del primo episodio della serie animata del 1984. La fazione protagonista è formata dai Maximal, discendenti degli Autobot, quella nemica dai Predacon, discendenti dei Decepticon. Entrambe le fazioni, giunte sulla Terra in seguito a uno scontro interstellare nelle loro astronavi, acquistano la capacità di trasformarsi in animali e non in mezzi di trasporto. I Maximal si trasformano quasi tutti in mammiferi, uccelli e pesci, i Predacon in invertebrati e rettili, perché la produzione considerava i primi meno pericolosi dei secondi. I Maximal, con l'appoggio degli Autobot non ancora senzienti, devono impedire ai Predacon di aiutare i Decepticon a vincere gli scontri della vecchia serie.