U.C. 0097, ad un anno dall'apertura di "Laplace's Box". Nonostante la rivelazione della Carta del Secolo Universale che riconosce l'esistenza e i diritti di Newtypes, la struttura del mondo non è stata molto modificata. Si pensa che il conflitto successivamente soprannominato "Incidente di Laplace" si sia concluso con la caduta dei resti di Neo Zeon noti come Maniche. Nella sua battaglia finale, due mobile suit completi di psycho-frame hanno mostrato un potere oltre la comprensione umana. L'unicorno bianco e il leone nero sono stati sigillati per rimuovere questo pericolo dalla coscienza delle persone e ora dovrebbero essere completamente dimenticati. Tuttavia, l'RX-0 Unicorn Gundam 03, scomparso due anni prima, sta per mostrarsi ancora una volta nella sfera terrestre. Una fenice dorata... chiamata Phenex.