Shrek, un orco dal cuore d'oro, insieme al suo "destriero" Ciuchino cerca di tornare in possesso della sua palude, ora occupata dai personaggi delle fiabe, i quali sono stati imprigionati dal perfido Lord Farquaad, tiranno della terra di Duloc. L'orco e l'inseparabile asinello devono inoltre darsi da fare per liberare una principessa sottoposta a un sortilegio e tenuta prigioniera in un castello sorvegliato da un drago.

Di ritorno dalle nozze Shrek e Fiona vengono invitati a corte dai genitori di lei, re Harold e la regina Lilian. Che non sanno che i due sono orchi verdi. Per riparare al misfatto i sovrani, che avevano fatto altri progetti circa le nozze della figlia, chiamano in causa la Fatina Madrina, il Gatto con gli Stivali e il bellissimo Principe Azzurro.