Sulle montagne rocciose canadesi, Logan cerca la pace dopo un secolo di guerre e violenza. Silverfox lo ama e lo incoraggia a dar retta alla propria natura umana e a tenere a bada la forza sovrumana e mutante che è in lui, ma il brutale assassinio della donna da parte del fratello Victor, riporta inevitabilmente Logan nelle mani di Stryker, che vuole fare di lui l'Arma X, una macchina da guerra indistruttibile. Nel corso di un'operazione d'indicibile sofferenza, lo scheletro di Wolverine viene rivestito di adamantio e ne esce un essere invulnerabile, il più micidiale degli esperimenti di laboratorio che Stryker sta operando sui mutanti: un cuore di dolore dentro un'impalcatura di rabbia, in attesa di rivolgere la propria furia contro il giusto nemico.

Jack Tate è un fisico esperto di Meteorologia che lavora in una base a supporto di una nave per ricerche. Sua moglie, anatomo patologa vuole il divorzio accusandolo di essere drogato dal lavoro e anche Naomi, la figlia adolescente, concorda con la madre. Un giorno tutti coloro che si trovavano a bordo della nave vengono ritrovati congelati. Jack comprende che la tragedia è dovuta a un buco che si è aperto nell’ozono facendo filtrare aria ghiacciatissima. Il suo capo, Winslaw, ritiene le sue deduzioni non comprovate e questo fa perdere del tempo prezioso. Il rischio di una nuova era glaciale si fa sempre più concreto.

Ben Gannon, Kara Wade e Henry Purcell, tre piloti scelti dell'aviazione della marina americana, vengono coinvolti in un progetto top secret riguardante un velivolo guidato da un'intelligenza artificiale denominata 'EDI'. I tre militari, insieme al loro nuovo compagno di volo, partecipano con successo alla prima missione ma, durante il ritorno alla base, qualcosa va storto. Nonostante le riserve dei piloti, viene loro ordinato ugualmente di partire per altre rischiose missioni a bordo dello speciale velivolo che, con una sua autonoma decisione, rischia di far scoppiare un terribile conflitto nucleare...