Mewtwo è il primo Pokémon geneticamente modificato, creato in laboratorio, a partire dal DNA di Mew. Il Pokémon tuttavia è restio e non vuole diventare una cavia da laboratorio. Per questo motivo decide di distruggere il laboratorio usando i suoi poteri psichici. Successivamente Mewtwo stringe una alleanza con Giovanni, il capo del Team Rocket, che lo aiuta a sfruttare al massimo le sue capacità. Tuttavia tenta di ingannarlo, usandolo per i suoi scopi. Per questo motivo il Pokémon decide di ribellarsi, una volta giunto alla conclusione che gli esseri umani siano malvagi e che sfruttino i Pokémon come loro schiavi.

Ash, Brock, Misty e Pikachu arrivano in un luogo fatto appositamente per i Pokémon. Gli Allenatori lasciano che i loro Pokémon lo raggiungano e, arrivati, subito si dividono. Mentre quasi tutti corrono via, Pikachu resta con Bulbasaur, Squirtle, Psyduck e Togepi. Quest’ultimo si mette a piangere per la fame e Pikachu e Squirtle cercano di calmarlo facendogli un po’ di smorfie buffe, ma lui non smette. Squirtle se ne va deluso e vede una mela su un albero; avvisa subito il gruppo e Togepi si calma vedendola. Bulbasaur la fa cadere col suo attacco Foglielama, ma accidentalmente, cade vicino a Psyduck che, senza pensarci due volte, se la mangia e Togepi ricomincia a piangere. Allora, Bulbasaur lo prende con le sue liane, lo solleva in aria cominciando a canticchiare una dolce melodia e, finalmente, il piccolo Pokémon smette grazie alla “ninna nanna” di Bulbasaur. Togepi, alla fine, si addormenta.