Bibì si reca nel Regno delle Streghe per sostenere l'esame di quinto livello e viene seguita a sua insaputa da Hanna. La piccola finisce nel giardino della regina e, seguendola, Bibì trova un bellissimo fiore e lo coglie, portandolo a casa con sé. Tornata nel mondo umano, però, viene sgridata da Doremi per aver portato via Hanna senza avvertire e, ferita, Bibì esprime il desiderio che la sorella si trasformi in un topolino e perda tutti i suoi poteri. Il desiderio viene esaudito dal fiore, che ha il potere di realizzare qualunque sogno, sia buono sia cattivo. I primi lo fanno rimanere bianco, i secondi gli fanno cambiare colore.

Love, Miki e Inori si stanno recando a una gara di ballo, ma si perdono sulla strada per Minato Mirai. Mentre cercano la direzione giusta, vengono attaccate da un mostro. Quando le tre Fresh Pretty Cure iniziano a combatterlo, altre guerriere leggendarie si affiancano a loro per sostenerle. Per poter vincere questo potente nemico, dovranno tutte quante unire le forze e i loro poteri per vincere.

Tsubomi Hanasaki viene svegliata dalla sua migliore amica Erika Kurumi solo per scoprire che le loro due fate, Coffret e Shypre, se ne sono andate lasciando un biglietto che spiega dove trovarle. Il Parco delle Fate non è solo la meta delle due ragazze, ma anche il punto di incontro di tutte le altre Pretty Cure che hanno programmato di trascorrere insieme questo giorno speciale. Questo magico parco a tema custodisce il Gioiello dell'Arcobaleno, una gemma speciale che rappresenta tutte le speranze e i sogni del mondo. Una pietra così potente è l'oggetto del desiderio di un'entità malefica di nome Bottom, che ha atteso mille anni per poterla possedere.

Mentre le Pretty Cure sono riunite a una sfilata di moda in un centro commerciale, tutti i mondi improvvisamente si sovrappongono alla Terra. Una potenza maligna, Black Hole, cerca infatti di manomettere il Prism Flower, che collega il mondo degli esseri umani con gli altri, e minaccia di risucchiare la Terra, facendo risorgere nemici affrontati nel passato. Le leggendarie guerriere dovranno quindi affrontare la nuova minaccia.

Sesto film crossover del franchise delle leggendarie guerriere Pretty Cure e ultimo della trilogia "New Stage".

Un vendicativo mostro simile a un teru teru bozu chiamato Miden sta rubando tutti i poteri e i ricordi magici delle Cure, trasformandole in bambini indifesi, tranne Nagisa Misumi e Hana Nono. Devono aiutare le Cure colpite a riguadagnare le loro abilità e combattere questa nuova minaccia.

Uno cortometraggio speciale incluso nel film Yes! Pretty Cure 5 GoGo! - Buon compleanno carissima Nozomi.