Una misteriosa creatura distrugge il 70% della luna. La creatura quindi avverte che se non verrà distrutto entro marzo del prossimo anno, la Terra sarà la prossima. La creatura richiede anche che diventi l'insegnante di homeroom per la classe E di terza elementare alla Kunugigaoka Junior High School. Il governo è impotente a dire di no. La creatura diventa quindi l'insegnante della scuola materna della classe E di terza elementare che consiste di studenti falliti tra cui Nagisa Shiota. La creatura si chiama Insegnante Koro. Nel frattempo, il governo chiede agli studenti di tentare di uccidere il Maestro Koro anche se possiede dei super poteri. Il governo offre una ricompensa di 10 miliardi di yen a chiunque lo uccida con successo. Gli studenti sono confusi dalla situazione, ma decidono di uccidere il Maestro Koro. Quando la loro lezione inizia con l'insegnante Koro, gli studenti si ritrovano a divertirsi con il loro nuovo insegnante.

La storia continua con i conflitti degli studenti, l'identità di Koro Sensei e il destino del mondo. Il limite di tempo per l'assassinio si avvicina.

Ken Kaneki, trasformato in ghoul in seguito a un misterioso incidente, si è unito all'Anteiku, un bar che raccoglie alcuni ghoul che cercano un rapporto meno predatorio col mondo umano. Ma il caos tornerà a inseguirlo attraverso l'interesse di Shuu Tsukiyama, un potente ghoul noto come Gourmet, ossessionato alla ricerca di nuovi sapori e quindi interessato a divorare Kaneki. Il film è il sequel di Tokyo Ghoul, un film del 2017, che a sua volta è basato sulla serie manga Tokyo Ghoul, da cui hanno tratto anche un anime.