Anno 0087 UC, sette anni dopo la fine della Guerra di un anno. All'indomani degli eventi narrati in Mobile Suit Gundam 0083: Stardust Memory (prequel realizzato successivamente), l'esercito della Federazione Terrestre crea un corpo speciale di élite denominato Titani per dare la caccia ed eliminare le sacche di resistenza di Zeon. La brutalità dei metodi terroristici adottati dai Titani per raggiungere i loro scopi fa nascere in risposta due gruppi di resistenza, l'AEUG (Anti-Earth Union Group - Gruppo anti Unione Terrestre) e la sua emanazione terrestre Karaba (guidata dall'ex membro della Base Bianca Hayato Kobayashi e del quale farà parte anche Amuro Ray), che affronteranno la Federazione in quella che viene chiamata la Guerra di Gryps. La serie inizia con Char Aznable, diventato membro dell'AEUG con l'alias "Quattro Bajeena", che attacca una base militare dei Titani nella colonia occupata di Green Noah a Side 7 per raccogliere informazioni sul nuovo prototipo di mobile suit federale, il tipo RX-178 Gundam Mark II. Kamille Bidan, un giovane ed impulsivo newtype che vive nella colonia, si ritrova coinvolto suo malgrado ed aiuta l'AEUG a trafugare il Mark II. Infine si unisce all'AEUG, prima come pilota del Mark II, quindi come pilota del nuovo Mobile Suit Z Gundam (creato dall'AEUG e basato su un'idea di Kamille). Lo scontro tra le parti vedrà in un secondo momento l'ingresso in campo di una terza forza, quella di Axis, l'asteroide su cui alla fine della Guerra di un anno si erano rifugiati i sostenitori degli Zabi e della restaurazione del Principato di Zeon, guidati dalla giovane Haman Karn, reggente della piccola Mineva Zabi.

Cinque esploratori spaziali terrestri fanno ritorno sulla Terra dopo lungo tempo per trovarla devastata da una guerra nucleare ed occupata dagli alieni del pianeta Galra, che hanno approfittato della guerra per attuare i loro piani di conquista galattica, guidati dal malvagio Re Tay Bazaal. Catturati dagli alieni, vengono condotti sul loro pianeta, ma riescono rocambolescamente a fuggire a bordo di una navicella spaziale. Inseguiti dai galriani, precipitano sul pianeta Althea, dove vengono salvati ed accolti dalla principessa Fara, la quale svela loro il segreto dell'esistenza di Golion, un prodigioso robot formato da cinque leoni meccanici, grazie al quale sarà possibile abbattere una volta per tutte la tirannia dell'Impero Galattico di Galra.

Il mondo abitato dall'umanità non è più costituito dalla sola Terra, ma si è allargato all'intera Sfera Terrestre, comprensiva della Luna e di sette aree situate intorno ai punti di Lagrange dell'orbita lunare chiamate Side, in cui orbitano centinaia di "isole spaziali", enormi cilindri artificiali contenenti habitat adatti alla vita. Anno 0079 UC: il Principato di Zeon, situato in Side 3, dichiara la sua secessione dalla Federazione Terrestre, scatenando un violento conflitto, noto come Guerra di un anno, che infurierà su ogni continente della Terra ed in quasi ogni colonia spaziale e insediamento lunare. Zeon è inizialmente avvantaggiato dall'uso di un rivoluzionario tipo di arma, il mobile suit, un robot corazzato di aspetto antropomorfo pilotato da un essere umano. Quando una squadra di mobile suit di Zeon in ricognizione, disobbedendo agli ordini ricevuti, attacca la colonia di Side 7, gli abitanti di quest'ultima vengono a conoscenza della risposta della Federazione a questa nuova arma: il mobile suit Gundam. Con l'aiuto dei soldati federali superstiti della corazzata da trasporto Base Bianca, l'equipaggio di profughi inizia un'avventura che porterà un pugno di loro a cambiare il corso della guerra.

L'unica preoccupazione di Kei Katsuragi è l'amore della sua vita. Non gli importa molto che abbia più di un amore - dopo tutto, come pilota del Corpo Spaziale della Libertà, potrebbe essere morto domani! Nel futuro, la guerra è cambiata e Kei conosce fin troppo bene gli orrori che può portare. Le armi atomiche, biologiche e chimiche sono tutte in uso, ma ancora peggio di queste sono le armi dimensionali, ordigni in grado di fare a pezzi anche il tempo e lo spazio!

Un sito web può essere raggiunto solo a mezzanotte. Questo sito, jigoku tsuushin (corrispondenza infernale), promette vendetta e per ottenerla basta scrivere il nome della persone che si vuole spedire all’inferno. Enma Ai , jigoku shoujo (ragazza infernale), si fa carico di questo desiderio e compie la vendetta per conto dei suoi evocatori. Accanto a lei tre enigmatici individui la aiutano in questo compito.

La storia narrata inizia nel 1999. La Terra, al culmine del proprio sviluppo tecnologico, si appresta a colonizzare l'intero sistema solare, con la costruzione di una base spaziale su Plutone. La supervisione dei lavori viene affidata al team Crasher Squad (squadra speciale), la cui base si trova in un centro diretto dal professor Otsuka. Tra i membri della squadra vi è un ragazzo di 17 anni, protagonista della serie: Takeru Miojin. Il team è completato da Mika, Naoto, Keiji e Akira.