Lo studente di liceo Daichi Manatsu lavora per l'organizzazione Globe per pilotare un robot gigante chiamato Earth Engine Impacter per proteggere la Terra dalla forza aliena invasore conosciuta come "Kill-T-Gang", dal pianeta Urano.

Tornato a casa per il funerale del nonno, Daikichi, 30 anni, scopre che il vecchio ha avuto una figlia da una recente relazione con una donna molto più giovane. Il resto della famiglia, palesemente in imbarazzo, ha già deciso di non voler avere nulla a che fare con la piccola e silenziosa Rin. In uno scatto d'orgoglio Daikichi decide di prendersene cura, scoprendo poi che crescere una bambina è tutt'altro che semplice. Eppure Rin riesce lentamente a scalfire quel guscio duro che l'uomo si era creato attorno e forse sarà proprio lei, seppure così piccola, a guidarlo alla ricerca di un nuovo amore.

Gli studenti della classe 3-E hanno una missione: uccidere il loro insegnante prima del diploma. Ha già distrutto la luna e ha promesso di distruggere la Terra se non verrà ucciso entro un anno. Ma come può questa classe di disadattati uccidere un mostro tentacolato, capace di raggiungere la velocità di Mach 20, che potrebbe essere il miglior insegnante che abbiano mai avuto?

Toma Kamijo è uno studente della Città-Studio, dove le persone usano la scienza per sviluppare abilità soprannaturali. Il ragazzo ha molto cuore, fortunatamente per una giovane suora di nome Index. È in fuga da una società di maghi che brama i 103.000 volumi di conoscenza magica, che compongono l'Indice dei Libri Proibiti e sono immagazzinati nella sua memoria. Quando Index si imbatte nella vita di Kamijo, trova un fedele amico e protettore, e nonostante Kamijo sia il ragazzo più debole della Città-Studio, possiede una capacità sorprendente: l'Imagine Breaker, un potere inspiegabile immagazzinato nella sua mano destra capace di negare i poteri sovrannaturali di altri. Con scienziati e maghi che attaccano da tutte le parti, l'Imagine Breaker risulta essere un'arma molto utile, ma è la lealtà di Kamijo nei confronti di Index a rappresentare lo strumento più utile nella lotta per tenerla al sicuro.

Le abilità di elettro-manipolazione di Misaka - e la mossa del proiettile Railgun deliziosamente distruttiva - la rendono una rock star ad Academy City. La tecno-metropoli è piena di studenti con poteri soprannaturali noti come espers, tra cui Kuroko, l'amica civettuola e coinquilina di Misaka. Usa le sue capacità di teletrasporto come membro del team delle forze dell'ordine di Judgment, combattendo il crimine insieme al suo collega agente Uiharu. Insieme al loro amico Saten, un coraggioso esper di livello 0, Misaka, Kuroko e Uiharu si divertono tantissimo ad affrontare il pericolo ogni volta e ovunque si presenti.

Angel Beats! è ambientato in una scuola superiore dell'aldilà, una specie di Purgatorio a metà tra il Paradiso e la Terra dove gli studenti imparano ad abbandonare ogni attaccamento rimasto loro con la vita, prima di reincarnarsi in una nuova vita, scomparendo da quel mondo. Ogni causa di morte è scomparsa e non esistono malattie, ma gli studenti possono ancora provare dolore e tutte le altre sensazioni di quando erano vivi, compresa quella del morire, solo per svegliarsi senza ferite.