Shiro approfondisce il suo rapporto con Sakura mentre continua a combattere la Guerra del Santo Graal, sebbene non sia più un Master.

L'anno 2015 d.C. L'ultima era in cui la magia ha ancora prosperato. La Chaldea Security Organization è stata fondata per concentrarsi sulla conservazione della continuazione della storia umana. Osservano un mondo che la magia non potrebbe osservare e la scienza non potrebbe misurare tutto per impedire l'estinzione certa dell'umanità. Ma un giorno, il futuro che Chaldea ha continuato a osservare scompare e l'estinzione dell'umanità nel 2017 diventa chiara. Anzi, era già successo. La causa sembra essere correlata a Fuyuki, una città di provincia in Giappone, nell'anno 2004 d.C. Lì appare una "regione non osservabile" che prima non esisteva. Basandosi sul presupposto che Fuyuki sia la ragione dell'estinzione dell'umanità, Chaldea emette un ordine per esplorare, indagare e possibilmente distruggere questa singolarità: una ricerca del Santo Graal, il Grande Ordine.