Ad Okinawa circola una profezia: un giorno arriverà un immenso mostro che rischierà di distruggere la Terra, ma sarà fermato dall'intervento di altri due mostri. La profezia sembra avverarsi quando Godzilla senza motivo attacca il Giappone, arrivando anche a ferire gravemente Angilas, suo compagno in tante battaglie. Nessuno sa spiegarsi tale cambiamento, finché non compare un secondo Godzilla, che attacca il primo smascherandolo: si tratta di Mechagodzilla, gigantesco automa che riproduce le fattezze del Godzilla originale, ed è stato costruito da una civiltà aliena per conquistare la Terra.

L'avvicinarsi del pianeta acquatico Aquarius minaccia la Terra, che rischia di essere inondato e distrutto. Non si tratta però di una casualità: Aquarius è entrato in rotta di collisione con la Terra per via delle macchinazioni dei Dinguil, una malvagia razza aliena che ha perso la propria madre patria nello stesso modo. Per l'ennesima volta, l'unica speranza per la Terra è rappresentata dalla corazzata spaziale Yamato che dovrà deviare la rotta di Aquarius e scongiurare la collisione con la Terra.

La Terra soccombe sotto l'attacco degli Umanoidi. Quando Capitan Harlock torna sulla Terra trova città in rovina e abitanti ridotti in schiavitù. Insieme a pochi altri valorosi ribelli inizierà la lotta per la libertà.

Sono trascorsi due anni dalla prima volta in cui Tetsuro salì a bordo del Galaxy Express. Da allora la guerra tra uomini di carne e uomini meccanici si è fatta più cruenta, estendendosi a tutti i sistemi. Ma un giorno Tetsuro riceve un messaggio da Maetel. Un nuovo viaggio sul Galaxy Express, una nuova verità oltre l'immaginazione: le voci tra i partigiani della resistenza umana sostengono che Maetel, la bella e triste Maetel, stia per diventare la nuova Promesium, la regina degli uomini meccanici...

Jane Flower è una cacciatrice di taglie alla ricerca di un pericoloso criminale: Cobra, un famigerato pirata spaziale con una psychogun installata nel braccio sinistro e una taglia di sette milioni sulla testa. Braccata dalla Gilda dei Pirati che spadroneggia per la galassia, Jane si ritrova fra i piedi un uomo che le fa la corte e dice di essere proprio Cobra, anche se non gli somiglia per niente.

Galaxy Express 999 è ambientato nell'anno 2021, in un futuro ad alta tecnologia, dove una rete ferroviaria interstellare si estende ormai per tutta la galassia, treni spaziali fanno servizio ogni giorno e persone con un "corpo meccanico" stanno spingendo l'umanità verso l'estinzione. In quegli anni sulla Terra viene progettata Megalopolis, città modernissima dal clima sempre controllato, dove gli abitanti hanno un corpo meccanico che consente loro di vivere fino a duemila anni. I poveri non possono permettersi un corpo meccanico e vivono in tuguri ai margini della città. Una madre e un figlio poveri, tra i primi, vengono a sapere che esiste un pianeta dove si può ricevere gratuitamente un corpo meccanico. Per andarci devono raggiungere Megalopolis e da lì proseguire il viaggio con il Galaxy Express 999, un treno spaziale dalla tecnologia avanzatissima che appare guidata, però, da una classica locomotiva a vapore.