Battōsai Himura (parzialmente basato sul personaggio storico dell'hitokiri Kawakami Gensai) è uno spietato assassino che a metà 1800 contribuì alla fine dello Shogunato Tokugawa, sul trono da 200 anni, e all'avvento del periodo Meiji. In seguito all'insediamento del nuovo governo, Battōsai scompare per tornare sotto nuovo nome: Kenshin. Ora viaggia con una sakabato con un solo filo (una spada a lama invertita), che anziché essere rivolta verso l'avversario risiede sul lato opposto; il suo obiettivo sta nel proteggere le persone che incontra dalle ingiustizie. Nel suo viaggio, Kenshin si troverà coinvolto in combattimenti con samurai che non apprezzano il nuovo stile di vita pacifico (nella nuova era Meiji non è più permesso nemmeno a un samurai di portare la spada) e in complotti che cercano di restaurare la vecchia società feudale.

Nella Francia del XVIII secolo, alla vigilia della Rivoluzione Francese, Luigi XV è ancora Re. Una donna viene trovata morta in una bara galleggiante nella Senna e si rivela Lia de Beaumont, sorella di D'Eon de Beaumont, membro della polizia segreta e deciso a scoprire l'assassino della sorella. Nel corso delle indagini scopre che strani e soprannaturali eventi sono coinvoli in questi omicidi.