Quando una figura misteriosa inizia a prendere di mira gli Alchimisti di Stato per i loro peccati contro Dio, l'Alchimista Edward Elric e suo fratello Alphonse sono più vulnerabili, mentre gli omuncoli iniziano a svelarsi ancora una volta.

Il lungo e tortuoso viaggio dei fratelli Elric si conclude in questo epico finale, in cui devono affrontare una minaccia ultraterrena e nazionale.

Fullmetal Alchemist si concentra su un rituale alchemico andato storto che porterà Edward Elric a perdere un braccio e una gamba e il fratello Alphonse l'intero corpo diventando un'anima imprigionata in un'armatura. Come vediamo nel trailer, Alphonse dotato di arti meccanici "automail" diventa un Alchimista di Stato, cercando l'unica cosa che può restituire il corpo a suo fratello, la leggendaria Pietra Filosofale.

Chisato, tiratrice scelta, e Mahiro, lottattrice di arti marziali sono due liceali ma anche due assassine. Insieme portano a termine le missioni affidategli dalla loro agenzia omicidi. Al momento del diploma, l'agenzia ordina loro di vivere come coinquiline e di trovare un regolare lavoro così da sembrare normali cittadine. Chisato riesce ad adattarsi al lavoro di cameriera in un bar, ma Mahiro, che ha più difficoltà a socializzare, si arrende rapidamente, mettendo a dura prova la loro amicizia. Tuttavia, ben presto si ritrovano nel mirino degli yakuza e dovranno recarsi sul campo di battaglia!