Esistono due mondi in continua lotta da secoli tra loro: il mondo degli Angeli e il mondo dei Demoni. Momoko Hanasaki (SunRose, in Italia) è una ragazza allegra e gentile che frequenta la prima media insieme alle sue due migliori amiche Yuri Tanima (Lily) e Hinagiku Tamano (Daisy). Le tre ragazze fanno tutte parte del club di giornalismo della scuola e sono rivali in amore, in quanto hanno una cotta per il capitano della squadra di calcio del loro istituto Kazuya Yanagiba (Nicholas). Un giorno Momoko viene attaccata da un Demone che vuole sottrarle un anello appartenuto alla madre morta da tempo: qui, la ragazza viene soccorsa dall’arcangelo Limone (Aaron) e dalla dea Aphrodite scoprendo di essere in realtà un Angelo dell’Amore, detta Wedding Peach.

Sette bambini delle scuole elementari, Taichi, Yamato, Sora, Koshiro, Mimi, TaKeru e Jo, durante una vacanza in un campo estivo si ritrovano misteriosamente catapultati in una nuova dimensione popolata di strane creature chiamate Digimon. Alcune di queste creature legheranno subito con loro e dimostreranno sorprendenti capacità evolutive. Ora i ragazzi devono scoprire perchè sono finiti nell'isola di File, come andarsene e quel è il destino che li lega a questo mondo digitale.

Il nuovo anime si svolgerà nel 2020 e presenterà una nuova storia incentrata su Taichi Yagami quando è al suo quinto anno di scuola elementare. Il suo compagno è Agumon. La storia inizia a Tokyo quando si verifica un malfunzionamento della rete su larga scala. Taichi si sta preparando per il suo weekend estivo in campeggio quando avviene l'incidente. La madre di Taichi e sua sorella minore Hikari rimangono bloccate su un treno che non smette di muoversi, e Taichi si dirige a Shibuya per aiutarle. Tuttavia, sulla sua strada, incontra uno strano fenomeno che lo trasporta nel Mondo Digitale insieme agli altri DigiPrescelti.

Dopo aver ricevuto strani messaggi telefonici che li interrogavano sul loro desiderio di cambiare la propria vita, cinque ragazzi, Takuya Kanbara, Koji Minamoto, JP Shibayama, Zoe Ayamoto e Tommy Hiyomi, decidono di seguire le indicazioni che vengono loro date e di prendere un treno per quello che scopriranno essere un mondo digitale: Digiworld. Una volta lì, incontreranno due Digimon pacifici, Bokomon e Neemon, che fungeranno per loro da guide in quel mondo sconosciuto. I due Digimon spiegheranno ai Digiprescelti che il mondo digitale è in pericolo e che toccherà a loro, eredi dei Leggendari Guerrieri, salvarlo. I cinque dovranno lottare contro un Digimon malvagio, Kerpymon, e gli altri cinque Leggendari Guerrieri, suoi emissari, e sconfiggerli prima che riescano a dominare il mondo.