Nel 2030 una divisione speciale della polizia giapponese, la sezione nove, affronta casi legati alle tecnologie robotiche, mediche e informatiche, che hanno conosciuto uno sviluppo e una convergenza senza precedenti nella prima metà del XXI secolo. Potenziamenti, cervelli ed interi corpi artificiali estendono le capacità fisiche umane e riducono la comunicazione al pensiero, ma sono al contempo usati per azioni spionistiche, terroristiche e dimostrative, in cui i mass media sono usati come un palcoscenico in cui si riducono i crimini a prodotto, e i criminali in eroi. Nello svolgersi dei 26 episodi, si svolge la losca ed intricata vicenda di un abilissimo hacker, il "Laughing Man" alle prese con rapimenti, informazioni segrete riguardanti le cure per la sclerosi del cervello artificiale, squadre armate e politici corrotti. Alcuni episodi non vi fanno proprio riferimento, o ve ne fanno in modo molto superficiale, e si concentrano su storie svincolate o sull'approfondimento delle caratteristiche e della storia dei vari personaggi, soprattutto Motoko, Batou, Togusa e Aramaki.

I racconti del vento racconta le avventure e la quotidianità di due ragazze delle medie (e plus one) che per una combinazione di eventi si ritrovano ad imparare dal proprio professore il modo di suscitare e manipolare magicamente il vento.

Cadis Etrama Di Raizel è un vampiro che, dopo un lungo sonno di 820 anni, si risveglia in una stanza vuota di un edificio anonimo, nella Corea moderna. Totalmente digiuno di tutti i passi in avanti che ha compiuto il genere umano, vagando per le strade della città. finisce per ritrovarsi in una scuola superiore dove viene scambiato per uno studente straniero. Colpo di fortuna vuole che il suo più fedele servitore, Frankestein, sia il preside di quella stessa scuola. Rai, così viene chiamato dagli studenti che nulla sanno della sua reale identità, si mimetizza con gli alunni cercando di imparare come sia cambiato il mondo moderno, ma i dubbi sul suo risveglio e sul luogo in cui si è trovato sono molti. Presto la strada di Rai incrocerà i piani dell'Unione, una organizzazione segreta umana che conduce esperimenti sugli esseri umani.

In un’epoca futura (ma con tecnologia medievale), caratterizzata da estenuanti ed infinite guerre di potere tra regni confinanti, in una sorta di mondo nel quale le persone hanno orecchie canine e lunghe code (la guerra è per gli animali), un uomo, dal volto parzialmente celato a causa di una maschera metallica impossibile a togliersi, si risveglia in uno sperduto villaggio di contadini senza ricordare più nulla circa la sua identità e passato. Qui, viene accudito da Eruru, una aspirante guaritrice rimasta orfana, Aruru, sorellina più piccola e schiva e dalla loro nonna. Benché nel villaggio inizialmente tutti lo guardino con un certo scetticismo, ben presto l'affetto della nuova famiglia, la sua indole al comando, il suo coraggio nell'aiutare gli abitanti nel momento del pericolo lo faranno ben volere da tutti. Ma rimane da capire chi o cosa esso sia in realtà..

Anno terrestre 2301: sono ormai passati 150 anni da quando Marte è stato terraformato. Al pianeta è stato dato il nuovo nome di Aqua a causa dello scioglimento della quasi totalità dei suoi ghiacci, cosa che gli ha anche portato il soprannome di "pianeta dell'acqua", mentre alla Terra è stato dato il nuovo nome di Man-Home. Akari Mizunashi è una giovane terrestre che si trasferisce su Aqua per imparare il mestiere di Undine, le gondoliere che fanno da guida turistica a Neo Venezia, riproduzione dell'antica Venezia terrestre ormai completamente sommersa. Nella "città sull'acqua", che non presenta ancora le innovazioni tecnologiche ormai parte della quotidianità sul pianeta madre, s'intrecciano le vicende di Akari, diventata apprendista all'Aria Company, e delle persone che incontra nel suo cammino verso il professionismo.

Tomoya Okazaki è un ragazzo timido ed introverso a causa della morte dei suoi genitori. Un giorno incontra Nagisa Furukawa, una ragazza impacciata a relazionarsi con gli altri, poichè ha dovuto ripetere l'anno, che vuole aprire un club di teatro. Tra i due si instaura un rapporto di amicizia e Tomoya decide di aiutare Nagisa nel suo progetto.

La storia ruota attorno a Shinichiro, un ragazzo con la passione del disegno che vive a casa con i suoi genitori e, da un anno a questa parte, con Hiromi, una ragazza che ha perso il padre. A Shinichiro piace Hiromi, ma la timidezza e il carattere taciturno e riservato della ragazza, gli impediscono di rivelarle i propri sentimenti. Un giorno a scuola, mentre si preoccupa di come risolvere questa situazione, Shinichiro incontra una strana ragazza allegra e solare, Noe, e da quel momento l’amore nei confronti di Hiromi comincerà a vacillare.