inque anni fa, un misterioso fenomeno noto come Scomparsa Urbana Sincronica Globale ha causato la scomparsa di una grossa fetta di Ikebukuro da un giorno all'altro. In seguito alla catastrofe, gli abitanti si trovarono gettati in uno stato di disordine, e cominciarono ad essere avvistate inspiegabili anomalie elettromagnetiche chiamate "Auroras".

Degli invasori provenienti da un altro mondo sferrano un attacco improvviso utilizzando la loro arma segreta; delle biomacchine. Per scampare a questa terribile minaccia, l’umanità è obbligata ad abbandonare la Terra e a rifugiarsi sulla luna. Per cercare di riconquistare il loro pianeta, gli umani organizzano una resistenza formata da androidi-soldato, ma riescono solamente a rallentare l’avanzata delle macchine. Nella speranza che annienti il nemico, viene introdotta una nuova unità di fanteria androide, la squadra YoRHa. Su questa terra arida ed abbandonata, la brutale guerra tra le macchine e gli androidi continua ad infuriare. Una guerra che presto porterà a galla la verità su questo mondo...