Il misterioso Rodo è caduto sulla Terra secoli fa, rubando l'aria, l'acqua e la vita del pianeta. Spetta a Ran, un giovane audace, e ad Aira, una ragazza dai capelli d'argento con un misterioso legame con il Rodo, salvare il pianeta.

Il mondo dei guardiani si trova in una dimensione parallela, ed i suoi abitanti hanno il compito di sorvegliare e controllare le forze magiche. A tal fine, gli abitanti possiedono diversi tipi di poteri magico che permettono loro di cambiare forma, distruggere oggetti, fermare il tempo o invocare esseri elementali per fargli delle richieste. La fonte del potere del mondo dei guardiani è il trono di Yord, un dipinto misterioso sorvegliato dagli anziani, che contemporaneamente si preoccupano anche di addestrare i Neutralizzatori, che in futuro prenderanno il loro posto. Uno di questi Neutralizzatori, Kagetsu, però ha tradito la fiducia degli anziani ed ha rubato il Trono di Yord e l'ha portato sulla Terra per portare a termine il proprio piano misterioso. Gli anziani inviano diverse squadre di agenti sulla Terra per recuperare il Trono di Yord, prima che la sua lontananza possa danneggiare irremediabilmente il mondo dei guardiani. Fra questi agenti c'è Tiara, membro della famiglia reale del mondo dei guardiani, oltre che sciamana potentissima, in grado di trasformarsi in un demone durante la battaglia. Nella sua ricerca del Trono di Yord, Tiara si confonderà con gli umani, spacciandosi per una normale studentessa.

Nel 2030 una divisione speciale della polizia giapponese, la sezione nove, affronta casi legati alle tecnologie robotiche, mediche e informatiche, che hanno conosciuto uno sviluppo e una convergenza senza precedenti nella prima metà del XXI secolo. Potenziamenti, cervelli ed interi corpi artificiali estendono le capacità fisiche umane e riducono la comunicazione al pensiero, ma sono al contempo usati per azioni spionistiche, terroristiche e dimostrative, in cui i mass media sono usati come un palcoscenico in cui si riducono i crimini a prodotto, e i criminali in eroi. Nello svolgersi dei 26 episodi, si svolge la losca ed intricata vicenda di un abilissimo hacker, il "Laughing Man" alle prese con rapimenti, informazioni segrete riguardanti le cure per la sclerosi del cervello artificiale, squadre armate e politici corrotti. Alcuni episodi non vi fanno proprio riferimento, o ve ne fanno in modo molto superficiale, e si concentrano su storie svincolate o sull'approfondimento delle caratteristiche e della storia dei vari personaggi, soprattutto Motoko, Batou, Togusa e Aramaki.