La storia è incentrata su Tsukimoto ('Smile') e Hoshino ('Peko'), amici d'infanzia che giocano a ping pong sin da quando erano studenti delle elementari. Tsukimoto - l'impassibile ragazzo con gli occhiali, descritto come un robot da tutti quelli che lo conoscono - gioca "per ammazzare il tempo"; Hoshino - l'appassionato e carismatico 'eroe' che Tsukimoto idolatrava durante la loro infanzia - gioca perché "ama il ping pong e odia perdere". Come sarà il trattamento riservato a questi due da parte del freddo e crudele mondo delle competizioni sportive? E che cosa accadrà al loro inevitabile scontro come contendenti per il trofeo singolo del liceo maschile?

Kazuto "Kirito" Kirigaya, un genio della programmazione, entra in una realtà virtuale interattiva con pluralità di giocatori (una realtà "massively multi-player online" o "MMO") denominata "Sword Art Online". Il problema sta nel fatto che, una volta entrati, se ne può uscire solo vincitori, completando il gioco, perché il game over equivale a morte certa del giocatore.

È il 12 agosto. Dopo che il telecomando dell'unico condizionatore della sua pensione viene inavvertitamente distrutto da una cola rovesciata, "Io" escogita un piano per tornare al giorno prima con una macchina del tempo e recuperare il telecomando prima che si rompa. Tuttavia, il suo amico burlone Ozu non può resistere a giocare con gli eventi passati, anche se ciò significa portare l'universo sull'orlo della distruzione. Ora "Io" si trova a correre contro il tempo per evitare il disastro.

Toma Kamijo è uno studente della Città-Studio, dove le persone usano la scienza per sviluppare abilità soprannaturali. Il ragazzo ha molto cuore, fortunatamente per una giovane suora di nome Index. È in fuga da una società di maghi che brama i 103.000 volumi di conoscenza magica, che compongono l'Indice dei Libri Proibiti e sono immagazzinati nella sua memoria. Quando Index si imbatte nella vita di Kamijo, trova un fedele amico e protettore, e nonostante Kamijo sia il ragazzo più debole della Città-Studio, possiede una capacità sorprendente: l'Imagine Breaker, un potere inspiegabile immagazzinato nella sua mano destra capace di negare i poteri sovrannaturali di altri. Con scienziati e maghi che attaccano da tutte le parti, l'Imagine Breaker risulta essere un'arma molto utile, ma è la lealtà di Kamijo nei confronti di Index a rappresentare lo strumento più utile nella lotta per tenerla al sicuro.

Degli invasori provenienti da un altro mondo sferrano un attacco improvviso utilizzando la loro arma segreta; delle biomacchine. Per scampare a questa terribile minaccia, l’umanità è obbligata ad abbandonare la Terra e a rifugiarsi sulla luna. Per cercare di riconquistare il loro pianeta, gli umani organizzano una resistenza formata da androidi-soldato, ma riescono solamente a rallentare l’avanzata delle macchine. Nella speranza che annienti il nemico, viene introdotta una nuova unità di fanteria androide, la squadra YoRHa. Su questa terra arida ed abbandonata, la brutale guerra tra le macchine e gli androidi continua ad infuriare. Una guerra che presto porterà a galla la verità su questo mondo...

In un mondo piagato dai colossi, gigantesche creature che attaccano gli esseri umani, una ragazza dotata di poteri misteriosi di nome Kumi – sfuggita alla prigionia dell’esercito imperiale che è intenzionato ad usarla come cavia da laboratorio – incontra Jiro, un cacciatore di colossi tormentato dalle disgrazie avvenute nel suo passato. Potranno, insieme, riuscire a salvare il mondo?

Nel 2024, dei mostri deformi si annidano tra le rovine del Giappone, mentre gli esseri umani superstiti racimolano quel che possono per sopravvivere. Kiruko decide di esaudire l’ultimo desiderio di una donna misteriosa di portare un ragazzo di nome Maru in un posto chiamato “paradiso”.

I goblin sono noti per la loro ferocia, astuzia e rapida riproduzione, ma la loro reputazione di mostri più umili fa sì che la loro minaccia venga trascurata. Invadendo civiltà rurali per rapire femmine di altre specie per la riproduzione, queste vili creature sono libere di continuare il loro assalto mentre gli avventurieri chiudono un occhio in favore di incarichi più gratificanti con taglie più grandi.

Un giovane, dopo essersi reincarnato nel corpo del nobile Ars Louvent, abitante di un altro mondo a lui sconosciuto, dovrebbe vivere come un debole aristocratico. Sia la forza fisica che l'intelligenza di Ars sono mediocri in entrambi i mondi, ma in questa realtà possiede l'abilità di valutazione, che gli permette di vedere il potenziale di qualsiasi persona. Utilizzando al meglio la propria capacità, il giovane cerca di riunire persone di talento al suo fianco.

Il trentaduenne Kafka Hibino fa parte di una squadra speciale addetta allo smantellamento dei resti dei Kaiju, che vengono uccisi dalle forze di difesa. Kafka è amico d'infanzia di Mina Ashiro. I due, tempo addietro, si promisero di entrare nel corpo delle forze di difesa e proteggere il Giappone dai Kaiju. Hibino non riuscì a superare l'esame di ammissione, abbandonando i suoi sogni. Mina, mantenendo la promessa, divenne invece il capitano della III divisione del corpo delle forze di difesa. Un giorno, Kafka affronta uno strano Kaiju con il quale si fonde. Da quel momento il giovane acquisisce la capacità di trasformarsi nel Kaiju numero 8, ottenendo particolari abilità.