In un futuro distopico Tokyo è una Babilonia psichedelica di gang rivali che guerreggiano a colpi di hip hop. Lo scontro è sempre dietro l'angolo e il delirio aumenta quando Lord Buppa, un boss della malavita dedito al cannibalismo, decide di rapire la figlia di un sacerdote straniero. Da quel momento la miriade di tribù che popola i quartieri della capitale innesca una lotta anarchica tra samurai a bordo di carri armati, punk armati fino ai denti, riot girls e gangster rapper.

Alla fine di Crows Zero II abbiamo visto Genji Takiya diplomarsi dalla scuola superiore Suzuran. Con l'inizio del nuovo anno scolastico comincia una nuova battaglia per ottenere la supremazia. Con il posto del capo vacante, Toru Goura sembrerebbe la persona più vicina a riempire il ruolo lasciato da Genji, ma dovrà affrontare degli agguerriti rivali. Nel frattempo, comincia a montare un nuovo conflitto con la scuola industriale rivale, la Kurosaki.

1855, Giappone feudale ai tempi dell'avvicinamento delle "navi nere" americane alle coste del paese. Per preparare i suoi guerrieri al potenziale attacco dell'invasore straniero, Katsuakira Itakura, il signore di Annaka, organizza una corsa di 58 chilometri attraverso coste, foreste e montagne. Ma la gara viene vista come un atto ostile dal governo centrale di Edo, il cui Shogun invia un gruppo di assassini per regolare i conti. Per evitare che la maratona si trasformi in tragedia, anche a causa di un suo messaggio male interpretato, una giovane spia al servizio dello Shogun dovrà correre più veloce degli assassini, mettendo a dura prova la sua stessa lealtà.

Enishi, il cognato di Kenshin, vuole ancora vendicare la morte di sua sorella avvenuta 15 anni prima per mano del samurai vagabondo che però ha già fatto ammenda per il terribile atto. Ma Enishi è pronto a tutto ed è accecato dalla vendetta anche a sacrificare la propria umanità!