Tony Stark dovrà vedersela con il genio criminale Ezekiel Stane inventore di una nuova bio-tecnologia. Dopo aver scatenato un attacco terroristico, Stane fa in modo che Tony Stark si prenda la colpa. Iron Man dovrà sfuggire dalla caccia all'uomo dello SHIELD e trovare un modo per ripristinare il suo nome.

Anno 2117; un veicolo in fuga si schianta contro il Public Safety Bureau Building. L'autista è identificato come Izumi Yasaka, un consulente psicologico del Santuario, una struttura per l'isolamento dei criminali nella prefettura di Aomori. Proprio prima del suo interrogatorio, Enforcer Mika Shimotsuki e l'ispettore Nobuchika Ginoza hanno il compito di accompagnare prontamente Yasaka a Aomori. Ciò che li attende sarà un qualcosa di assolutamente inaspettato.

Nella storia le stagioni sono cambiate e presto sarà la seconda primavera. Tatsuya e Miyuki hanno terminato il loro primo anno alla First Magic High School e sono in vacanza di primavera. I due vanno alla loro villa nell'arcipelago dell'isola di Ogasawara. Dopo solo un breve momento di pace, una giovane donna sola di nome Kokoa appare davanti a loro. Ha abbandonato la base navale e dice a Tatsuya il suo unico desiderio.