L'anime inizia con un flashback su Kazuya Mishima, un bambino che apprende le arti marziali dal padre (il gran maestro Heihachi Mishima). Incontra una bambina in lacrime (Jun Kazama): un leone di montagna ha ucciso un coniglio indifeso. Quando Kazuya si offre d'aiutarla il padre Heihachi Mishima carica il figlio in spalla e lo porta via; per provare la resistenza del figlio lo lancia in un burrone. Jun corre subito a cercarlo (senza risultati) e conserva la preziosa medaglietta fino all'età adulta.

Su un'isola dell'arcipelago, in un remo to villaggio di montagna dove il tempo sembra essersi fermato, le donne della famiglia Bonomia sono le custodi dei terribili Inugami, divinità dormienti il cui risveglio condurrebbe alla rovi- na l'intera regione. A Miki, ultima ere de del vaso Pandora che racchiude gli dei malefici e rende reiette le sue guardiane, il destino ancestrale della sua famiglia negherà l'amore, e costerà l'anima e il sangue di molte vittime, non tutte innocenti...

Durante il terremoto di Kobe del 1995, Yukari conosce Chihiro: la ragazza ha la facoltà di leggere le menti altrui e scopre che Chihiro possiede personalità multiple, la più pericolosa delle quali si chiama Isola.

Nell'anno 2116 il governo giapponese inizia ad esportare i droni del "Sybil System" in paesi in difficoltà e il sistema si diffonde in tutto il mondo. Uno stato nel mezzo di una guerra civile, SEAUn (l'Unione del Sud East Asiatico, pronunciato "shian"), accetta di introdurre il "Sybil System" come esperimento. Sotto il sistema, la cittadina costiera di Shambala Float raggiunge sicurezza interna e una pace temporanea. Ma successivamente il governo di SEAUn manda un gruppo di terroristi in Giappone, che si infiltra nel sistema per attaccarlo dall'interno. L'ombra di un certo uomo ricade sull'incidente. A capo della polizia, Tsunemori decide di andare a Shambala Float per investigare. La verità dietro la giustizia in questo nuovo paese le diventerà presto chiara.

Ambientato diversi anni dopo Armitage III: Poly-Matrix, ora gli investigatori Naomi Armitage e Ross Sylibus si sono sposati, hanno avuto una figlia, Yoko, e vivono a Saint Lowell, su Marte. Naomi torna sulla Terra per investigare su un attacco di tipo militare ad una fabbrica di robot di terza generazione. Nel frattempo Ross, che lavora per un'azienda che cerca di creare artificialmente gli oceani su Marte sfruttando gli asteroidi di ghiaccio, viene attaccato sul posto di lavoro da un commando di terroristi: nella colluttazione muoiono alcuni terroristi per mano di Ross ed altri fuggono e vengono arrestati, ma quelli che hanno perso la vita erano tutti umani, mentre quelli fermati erano robot, cosicché Ross finisce in tribunale per una presunta discriminazione nel modo con il quale ha agito, ma se la cava e viene bollato come eroe marziano.

Kyuta è un bambino senza genitori. Smarritosi per le vie di Tokio, si ritrova in un universo parallelo dove incontra Kumatetsu, una creatura simile ad un orso che lotta per vivere. Kumatetsu prende Kyuta sotto la sua protezione e gli insegna tutti i segreti dell'arte del combattimento. Ormai cresciuto, il giovane Kyuta torna a Tokio mosso dal desiderio di riscoprire le sue origini. Lì scoprirà l’amore e una verità che non credeva più possibile...Ma proprio nel momento in cui sembrava raggiunta la serenità, i nemici del passato si ripresentano minando la sicurezza dell’intera città. Sarà pronto Kyuta per dimostrare a Kumatetsu di essere il più forte?

Hideki Satomi legge su un ritaglio di giornale che sua figlia Nana morirà e non riesce a fare nulla per impedirlo. Dopo la tragedia acquisisce facoltà paranormali e cerca di salvare la vita di coloro che lo circondano, in modo da cambiare il corso degli eventi e di conseguenza anche il proprio passato.

Luffy e la sua ciurma approdano a Gran Tesoro, la più grande città dell'intrattenimento, dove le persone più ricche del mondo si ritrovano per giocare ed assistere a incredibili show. Gran Tesoro è solo all'apparenza una realtà paradisiaca e si rivelerà ben presto un posto davvero inquietante. La Ciurma del Cappello di Paglia rischierà la vita per fuggire dallo spaventoso luogo e dal terribile Gild Tesoro.

Un giovane studente senza nome dell'università di Kyoto si è innamorato di una sua compagna più giovane e ha deciso di incontrarla il più spesso possibile, fingendo ogni volta si tratti di una coincidenza, in modo da farle credere di essere legati dal destino. Durante una festa a cui partecipano entrambi, il "senpai" decide di sedersi accanto alla "ragazza dai capelli neri" non appena cambieranno locale, in modo da poterla conoscere meglio. È l'inizio di una lunga notte in cui incontreranno tante persone bizzarre...

Tokyo, 2029. Le reti telematiche controllano tutti i meccanismi economici e di produzione, i creatori di software sono una delle risorse indispensabili delle grandi potenze mondiali, e gli Hackers informatici rappresentano una risorsa fondamentale per le grandi organizzazioni criminali, adattatesi alla rivoluzione digitale che ha invaso il mondo. In questo mondo, i cyborgs sono stati in grado di infrangere i limiti degli esseri umani e si sono imposti, grazie ai loro impianti bionici, in ogni settore della vita quotidiana, superiori a semplici androidi, perchè mantengono ancora l'essenza (lo spirito) della razza umana.

Yugi Muto e i suoi amici sono all'ultimo anno di liceo e stanno decidendo cosa fare in futuro. Nel frattempo Seito Kaiba ha commissionato degli scavi per recuperare i pezzi del Millenium Puzzle, nella speranza di far rivivere l'anima del suo rivale Atem per far aumentare il proprio punteggio. Ma gli scavi vengono interrotti da Diva, che sfida Kaiba a Dual Monsters. Yugi e Kaiba si sono già scontrati diverse volte in passato ma nel nuovo duello metteranno in gioco l'orgoglio e tutte le esperienze passate.

In un lontano e tecnologico futuro la civilizzazione ha raggiunto la definitiva forma informatica detta “Net-based”. In passato un “virus” ha causato malfunzionamenti sfuggiti al controllo del sistema automatizzato, ne è risultata una replica infinita multi-strato della struttura della città. L’umanità ha perso l’accesso alla cabina di controllo, ed il sistema di difesa, Safeguard, è in tilt: dà la caccia agli esseri umani e, quando li trova, li uccide. In un recondito angolo della città sopravvive una piccola comunità umana nota come Electro-Fishers. Sono tutti destinati all’ estinzione, braccati dal Safeguard e alle prese con la scarsità di provviste.

L’inferno si trova qui, dentro la testa. Il proliferare del terrorismo, culminato con la distruzione di Sarajevo per mezzo di una bomba nucleare fatta a mano, ha indotto le principali nazioni a radicalizzare le proprie misure di sicurezza tracciando costantemente i cittadini. In parallelo a questa trasformazione, nei paesi in via di sviluppo scoppia un’epidemia di genocidi riconducibile a un enigmatico individuo di nome John Paul. Sulle sue tracce viene inviato Clavis Shepherd, capitano dell’esercito informativo degli Stati Uniti, chiamato a far luce sul legame che intercorre tra le parole e le azioni umane.

Una ragazza di nome Olga è perseguitata sia dal governo mondiale che da un uomo di nome Mad Treasure, poiché è l'unica a conoscere la posizione dell'oro puro, una sostanza che può comprare il mondo intero. Olga finisce per navigare con i Pirati di Cappello di Paglia e viaggiano alla ricerca dell'oro puro sull'isola perduta di Alchemi, che si trova nello stomaco di una grande rana pescatrice di nome Bonbori.

Conan riceve un invito da Teiji Moriya, un importantissimo architetto universitario fanatico della simmetria, per un party che si terrà nella sua villa il 29 aprile. Il ragazzo, utilizzando la voce di Shinichi (al quale l'invito era diretto), convince Ran ad andarci al posto suo con Kogoro e il bambino. La ragazza, nel frattempo, sta preparando una sorpresa per il compleanno di Shinichi (4 maggio): un film e un regalo legati al colore rosso (una polo) che, secondo l'oroscopo letto da Ran, è il colore fortunato per entrambi. Conan, Ran e Kogoro si recano quindi alla festa e qui fanno la conoscenza di Moriya e ammirano entusiasti le sue opere architettoniche.

Dopo l'indebolimento dell'alleanza sulla Terra, Haruo valuta la possibilità di schierarsi con gli Exif, il cui culto della morte evoca un mostro capace di distruggere il mondo.

Il film si apre con Pegasus su una sedia a rotelle in uno stato semi vegetativo causato dal combattimento sostenuto contro Ade nei Campi Elisi e al potere venefico della spada del dio. Il guerriero viene presto attaccato da un trio di Cavalieri, mandati dalla dea Artemide per vendicare gli oltraggi fatti dai Cavalieri di Atena verso gli dei Poseidone ed Ade. Nonostante gli angeli di Artemide attacchino con delle lance Pegasus, egli non subisce danni grazie alla protezione di Atena, che lo ha accudito per tutto il tempo in una baita di montagna. Atena si offre di cedere volontariamente il suo potere divino e la prerogativa di difesa della Terra ad Artemide a patto che questa non uccida i suoi Cavalieri.

Due anni dopo aver sconfitto Sephiroth, Cloud si ritrova nuovamente solo, a rimurginare sul passato chiedendosi se ha agito nel mondo migliore. Il mondo è tornato alla normalità, ma una forte epidemia si sta espandendo su tutto il territorio...

Asuna è una ragazza delle medie di buona famiglia, un'ottima studentessa con ottimi voti. Nonostante le sue capacità, è seconda nella graduatoria degli esami scolastici dietro la sua amica Mito. Dopo scuola le ragazze si ritrovano spesso a giocare assieme ai videogiochi e, durante una delle loro sessioni di gioco, Mito gli propone di giocare a Sword Art Online, un videogame che utilizza la Virtual Reality. Asuna, tornata a casa, trova il VR del fratello con il gioco e decide così di entrarci per trovare la sua amica e starci assieme. Le due si incontrano in game e iniziano ad esplorare il mondo di Aincrad. Improvvisamente, vengono teletrasportate insieme a tutti gli altri giocatori alla città centrale dove appare il creatore del gioco, Akiko Kaiba. Lo sviluppatore annuncia a tutti i giocatori di essere imprigionati in quel mondo e annuncia le regole: per vincere e liberare tutti bisogna completare 100 livelli, ma chi perde tutti i suoi HP, morirà nel mondo reale.