Ti piacerebbe vivere con due ragazze super sexy di un altro mondo? Il nostro personaggio principale è stato incredibilmente fortunato ed è diventato il prescelto che è riuscito a sedurre due ragazze avventuriere di un altro mondo! Aria è un'elfa Archer con enormi tette che si comporta come una sorella maggiore. È ancora vergine ed è strano perché la ragazza è solo una bellezza incredibile. Aria si è innamorata del personaggio principale a prima vista e ha deciso subito di concedergli la sua prima volta. Lulu è un guerriera mezza donna e mezza bestia che assomiglia più a una normale ragazza nekomimi con un'enorme coda folta. A prima vista, è severa e determinata, ma in fondo è una sorella veramente amorevole e premurosa. I feromoni che il nostro personaggio principale trasudava, hanno suscitato in modo incredibilmente forte il suo affetto e obbedienza. La ragazza è diventata come un'ossessiva accanto al nostro eroe e il suo unico obiettivo era il sesso sfrenato...

La Otonokizaka High School si trova al confine tra tre città: Akihabara, una mecca della cultura pop che si evolve di minuto in minuto; Kanda: una città conservatrice e colta dove storia e tradizione regnano sovrane; e Jinbo, una zona tranquilla riservata a una popolazione più matura e sofisticata. In mezzo a questo scontro culturale, la scuola ora rischia la chiusura a causa dell'iscrizione di sempre meno studenti. Con la scuola che prevede di chiudere entro tre anni, nove studentesse si uniscono con una cosa in mente: formare un gruppo di idol pop per rilanciare la popolarità della scuola e impedirne la chiusura. "Per proteggere la nostra amata scuola, c'è solo una cosa che possiamo fare ... diventare pop star!" Il loro obiettivo è semplice: diventare una sensazione dall'oggi al domani e utilizzare la loro esposizione mediatica a livello nazionale per promuovere la loro scuola e portare un'ondata di nuovi studenti nell'area in difficoltà.

In questo mondo, Sensha-do, l'arte del combattimento tra carri armati, è un'arte marziale tradizionale giapponese per ragazze. Miho, una ragazza che si è appena trasferita alla Girls 'Academy nella Prefettura di Ibaraki, è stata ordinata dal presidente del consiglio studentesco dell'accademia di unirsi alla squadra della scuola e competere nei campionati nazionali di Sensha-do.

Nelle parti più profonde delle foreste più fitte giace una regione inesplorata di un pianeta. Quelli con sogni di fama e fortuna si avventurano nelle città pioniere nella speranza di raggiungere il successo. Sfortunatamente per la maggior parte, questa regione è pericolosa e inesplorata... per un motivo.

Wakana Gojou è un liceale di quindici anni che in passato è stato traumatizzato a causa delle sue passioni. Questo incidente l'ha trasformato in un recluso, finché un giorno non ha incontrato Kitagawa, una gyaru molto socievole che è il suo completo opposto. Presto i due si trovano a condividere le loro passioni, facendo nascere un rapporto piuttosto bizzarro.

In un futuro molto lontano, il genere umano ha raggiunto i cieli e poi è ritornato sulla Terra. Per poter raggiungere ancora una volta i cieli, è stato scritto un libro di storia chiamato "Il Testamento" che gli uomini seguono in modo da poter riprodurre sempre gli stessi avvenimenti. Il libro, però, si ferma all'anno 1648, il che vuol dire che il tempo finirà e il mondo con esso, proprio in quella data. I popoli della Terra, hanno emozioni contrastanti a riguardo e ogni nazione segue la propria storia ma cercando di modificare gli eventi futuri. Nel frattempo, è giunto il 1648 e con lui, la fine di tutto. Ci saranno grossi cambiamenti... Nel frattempo, il Giappone non è più come una volta, ma è diviso in diversi feudi che sono a loro volta dominati da nazioni straniere in lotta fra loro. Coloro che potrebbero variare le sorti della guerra, decidono di intervenire. Essi sono gli studenti di una città fluttuante composta da otto navi volanti: Musashi.

Il Giappone trae ormai tutte le sue risorse dal mare, è stato necessario creare scuole specializzate che formino esperti nelle tecniche di protezione del mare. La storia è ambientata in una scuola femminile nelle quali le allieve diventano "blue mermaids,", attraverso corsi teorici e pratici. Le "blue mermaids," sono giovani donne che impegnano tutta la loro vita nella cura del mare, che vivono sotto lo slogan "Nel mare viviamo, il mare proteggiamo, per mare andiamo". Non basta essere le migliori nello studio, occorre avere anche una mentalità diversa, internazionale. Costituiscono un èlite e ci si aspetta che conoscano e comprendano le usanze degli altri paesi non solo degli altri.

La storia si incentra su Kazuma Hoshino, un ragazzo appena trasferitosi in una nuova città, per via della cagionevole salute del fratello minore. Kazuma si perde, mentre sta andando alla sua nuova scuola, ma inaspettatamente, incontra Ui Nakatsugawa, che lo aiuta a ritrovare la via smarrita. Mentre camminano succede un cliché: Kazuma inciampa, si sbilancia verso Ui e finisce per baciarla. Ibuki Hinata, la migliore amica della ragazza, assiste per puro caso alla scena. In un secondo momento Kazuma incontrerà Madoka Kōmoto, la figlia del sacerdote del tempio locale, Tsumugi Tōdō una sempai e Koyori la vivace sorellina di Tsumugi. Così l'harem sarà al completo.

Strike Witches si svolge in una realtà alternativa rispetto a quella che conosciamo. Nel 1939, infatti, la Terra viene invasa da una civiltà aliena, i Neuroi. Grazie alla produzione del "miasma", una sostanza chimica velenosa per gli umani, i Neuroi riescono a costringere le popolazioni delle aree colpite a fuggire dalle loro case e a saccheggiare le aree occupate. Fortunatamente il miasma non può diffondersi attraverso l'acqua; e così l'oceano diventa la principale linea di difesa dell'umanità contro i Neuroi. Se i normali umani non sono in grado di combattere nel miasma, allora per combattere i Neuroi vengono reclutate le streghe: queste, infatti, sono in grado di schierare un campo difensivo che non solo blocca il miasma, ma le protegge anche dagli attacchi fisici. La serie segue le battaglie combattute dalla 501st Joint Fighter Wing, che combattono in prima linea per difendere le Isole britanniche dai Neuroi.