Lupin tenta questa volta il furto di prestigiosi piatti giapponesi, ma fallisce. Il proprietario, Michael Suzuki, è un multimilionario che si sta preparando per l'aperura di un immenso parco acquatico a Tokyo. Lupin, non accettando la sconfitta, contatta i suoi compagni per cercare il loro aiuto ma se Jigen a causa di un mal di denti non riesce più a controllare la propria mira, Goemon ha perso la sua leggendaria spada, rubata da una donna e ora in esposizione proprio nella collezione d'arte di Suzuki. Ovviamente il trio, con l'aiuto di Fujiko, tenterà sia di rubare i piatti che recuperare la spada di Goemon.

Nel 1945 dopo il bombardamento atomico di Hiroshima e Nagasaki una corazzata Americana ed una Giapponese (in stile sottomarino-trivella) si scontrarono nelle acque dell'oceano pacifico. Dalla nave Giapponese chiamata Atragon però, fuggì il vice comandante che dietro ordini portò con se una preziosa alleata. Ora ai giorni nostri i rilevamenti satellitari hanno individuato un gigantesco cilindro nero che sta sciogliendo i ghiacci del Polo. Le Nazioni Unite inviano una squadra di ricerche per capire che sta succedendo, ma la tecnologia che hanno difronte e ben superiore alle loro conoscenze perchè possa essere compresa ed affrontata.