Universal Century 0068. Mentre pronuncia il discorso di indipendenza della Repubblica autonoma di Munzo dalla Federazione terrestre, il leader Zeon Zum Deikun viene colto da un malore improvviso che lo porta alla morte. Questo scatena una serie di rivolte nella colonia contro la Federazione, mentre Jimba Ral addita la famiglia Zabi di cospirazione. Nonostante i suoi sforzi, gli Zabi raccolgono consensi e il capofamiglia e consigliere di Deikun, Degwin Sodo Zabi, prende il potere. Per tenere sotto controllo la famiglia di Deikun, Degwin ordina che la compagna, Astraia, e i due figli, Casval e Artesia, vengano confinati in una torre; ma Ramba Ral e Crowley Hamon riescono a far imbarcare i bambini, insieme a Jimba Ral, su una nave cargo e a spedirli sulla Terra, in modo da metterli al sicuro dal regime degli Zabi.

Secolo Universale 0079. L'umanità ha trasformato anche lo spazio stesso in un campo di battaglia, e le forze del Principato di Zeon avanzano dopo aver spazzato via metà della popolazione mondiale effettuando l'Operazione British (colony drop). In risposta, le Forze della Federazione Terrestre mobilitano la loro schiacciante forza di combattimento per riconquistare il vantaggio. I complessi intrighi della famiglia Zabi... Sayla Mass, mentre lotta con i capricci del destino... Hamon e Ramba Ral, che ora è un pilota nelle forze di Zeon... Amuro e Fraw, che conducono una vita pacifica a Side 7... un'ombra oscura cade su tutti loro. E l'asso di Zeon Char Aznable, spinto dalla vendetta, entra in azione quando finalmente inizia la "Battaglia di Loum".

Sono passati tre anni da quando Casval, Artesia e Jimba sono fuggiti sulla Terra e hanno trovato ospitalità nel castello di Don Teabolo Mass in Andalusia; Teabolo adotta i bambini chiamandoli Edward e Sayla. Dopo che un gruppo di sicari assoldati da Kycilia Zabi ferisce Teabolo e uccide Jimba, la compagnia Yashima si offre di trasferire Teabolo e i ragazzi nella Texas Colony di Loum. Qui essi fanno la conoscenza di Char Aznable, un ragazzo coetaneo e fortemente somigliante a Edward, ma devono anche apprendere la triste notizia della morte della madre Astraia. Nel frattempo Dozle Zabi mette al corrente Ramba Ral di un progetto segreto per la creazione di robot da combattimento a Munzo, ora rinominata Zeon. Mentre Char si appresta a studiare all'accademia militare di Zeon, Edward si congeda da Sayla affermando di volersi iscrivere all'accademia militare di Loum.

Anno U.C. 0068, Side 3, Repubblica Autonoma di Munzo. Zeon Zum Deikun, sulla base della sua teoria sull’evoluzione conquistata dai colonizzatori dello spazio, sta per proclamare la totale indipendenza dal Governo della Federazione Terrestre quando, durante il suo discorso all’Assemblea Legislativa, si accascia sul palco: per lui non c’è nulla da fare. Dopo la morte di Deikun, Jimba Ral, che faceva parte del suo entourage, accusa la famiglia Zabi di complotto. Ma questo non impedisce l’accelerata degli intrighi della famiglia Zabi, guidata dal patriarca Degwin, più che determinato ad impadronirsi del potere politico assoluto.