Una misteriosa creatura distrugge il 70% della luna. La creatura quindi avverte che se non verrà distrutto entro marzo del prossimo anno, la Terra sarà la prossima. La creatura richiede anche che diventi l'insegnante di homeroom per la classe E di terza elementare alla Kunugigaoka Junior High School. Il governo è impotente a dire di no. La creatura diventa quindi l'insegnante della scuola materna della classe E di terza elementare che consiste di studenti falliti tra cui Nagisa Shiota. La creatura si chiama Insegnante Koro. Nel frattempo, il governo chiede agli studenti di tentare di uccidere il Maestro Koro anche se possiede dei super poteri. Il governo offre una ricompensa di 10 miliardi di yen a chiunque lo uccida con successo. Gli studenti sono confusi dalla situazione, ma decidono di uccidere il Maestro Koro. Quando la loro lezione inizia con l'insegnante Koro, gli studenti si ritrovano a divertirsi con il loro nuovo insegnante.

Mambo è un pinguino imperatore diverso dagli altri: è completamente stonato, mentre tutto il resto del gruppo sa cantare perfettamente. Mambo ha però un altro talento: danza meglio di Fred Astaire, anche se questa sua peculiare abilità lo rende inviso a Noah l'anziano, che lo scaccia dalla comunità. Solo, ma con nuovi amici trovati lungo le sue peregrinazioni, Mambo riuscirà a riscattarsi e salvare i suoi simili, proprio grazie all'abilità nel ballo, ma non prima di aver vissuto emozionanti e pericolose avventure.

La storia continua con i conflitti degli studenti, l'identità di Koro Sensei e il destino del mondo. Il limite di tempo per l'assassinio si avvicina.

Seguiamo le vicende di ragazzi della città di Iwaki, nella prefettura di Fukushima, sopravvissuti al terremoto e tsunami del 11 marzo 2011. "Uno stile di vita che potrebbe essere di chiunque, vissuto da una ragazza che potrebbe essere ovunque. A una vita che potrebbe essere vissuta ovunque. Un amore che potrebbe essere ovunque.”