I giovani giapponesi sono troppo esagitati. Per disciplinarli viene emanato il Battle Royale Act: ogni anno una scolaresca viene estratta a sorte e catapultata su un'isola deserta. Sorvegliati dal prof. Takeshi e da un nucleo militare, gli studenti si giocano la "battaglia reale": ognuno riceve un'arma diversa, che sia un bazooka o una pinza per le ciglia, e si dà alla macchia. Scopo del gioco: eliminare tutti gli altri entro tre giorni. Regole: nessuna.

A distanza di tre anni dagli eventi narrati nel primo film, Shuya Nanahara, unico sopravvissuto insieme a Noriko Nakagawa del primo Battle Royale, è divenuto un terrorista e ha creato i Wild Seven, un gruppo terroristico composto da ragazzi e da bambini, dichiarando guerra agli adulti e compiendo attentati. Per stanare Nanahara, il governo sceglie una classe di 42 studenti, alcuni dei quali sono rimasti orfani in seguito agli attentati dei Wild Seven. Il loro professore è Takeuchi Riki, un uomo che ha perso la figlia in un attentato causato dai Wild Seven. Gli studenti, tra i quali vi è Shitori Kitano, figlia del professor Kitano ucciso da Nanahara durante il primo Battle Royale, vengono così rapiti e costretti a partecipare all'assalto all'isola in cui è nascosto Nanahara. Una volta sbarcati sull'isola, gli studenti vengono massacrati dai Wild Seven e i sopravvissuti vengono fatti prigionieri...

Haru è una ragazza molto sbadata, lenta, la cui vita scolastica scorre senza alcun scotimento e che quindi la lascia sempre relativamente insoddisfatta. Non ha un ragazzo, ha pochi amici, a casa fa poco e nulla, ma è dotata di un altruismo fuori del comune. La sua vita cambia quando salva un gatto da una morte certa (acciaccato da un TIR) e questo lo ringrazia garbatamente proferendogli parole di elogio. inutile dire che la ragazza rimanga basita, ma ancor più basita rimane la sera quando riceve una ambasciata dal re dei gatti in persona che la invita al suo regno a vsisitarlo per ringraziarla di aver salvato il suo unico figlio nonchè erede al trono. Il giorno seguente dopo aver subito delle situazioni a dir poco particolari, viene eletta dai lacché del re come promessa sposa e trascinata nel regno.

Basato sulla serie anime più venduta "SAIKANO" Shy coed Chise è follemente innamorato dell'atleta delle superiori Shuji. I due condividono un legame che si intensifica solo quando scoppia la guerra nel futuristico Giappone. Ma Chise ha un segreto che, se rivelato, non solo distruggerebbe la sua relazione, ma metterebbe anche a rischio la sua vita. Chise non è una normale ragazza adolescente, in realtà è l'ultima arma di distruzione di massa, un cyborg geneticamente modificato costruito appositamente per un uso militare estremo. Quando va in battaglia, Chise spaventa tutti intorno a lei, comprese le sue stesse truppe. Il suo ragazzo non deve mai saperlo.

Godzilla incombe sul Giappone e nessun'arma può fermarlo. Intanto una giovane giornalista viene a sapere da un vecchio dell'imminente resurrezione dei tre mostri guardiani che proteggeranno l'umanità dal male. Quando Godzilla sbarca viene in principio aggredito da Baragon, che viene però sconfitto dal rettile gigante. In seguito dovrà vedersela con Mothra che verrà comunque battuta. È il turno di Ghidorah, l'unico che sembra poter eliminare Godzilla, che grazie al potere degli spiriti dei suoi due compagni morti riesce ad avere ragione di lui, anche se dopo un durissimo combattimento Godzilla riesce a sconfiggerlo. Però un anziano comandante di marina vuole ucciderlo per vendicarsi della morte dei suoi genitori provocata dal mostro durante il raid avvenuto nel '54...