Negi Springfield è un bambino prodigio di 10 anni, diplomato alla Magic Academy. Completato parte dei suoi studio, viene mandato come insegnante in una scuola in Giappone, conosciuta come Mahora Academy, per continuare il suo addestramento da mago. Un anno dopo, due rappresentanti dell'Accademia Magica si recano a Mahora e comunicano a Negi che un potente artefatto, noto come il Cristallo delle Stelle, è scomparso. Per ragioni sconosciute, il potere del manufatto colpisce Negi e i suoi studenti. Così lui e la sua classe si ritrovano a combattere contro un potere oscuro e ignoto.

Akane Motomiya e i suoi amici Tenma e Shimon vengono trascinati da un demone in un altro mondo, dove Akane diventa la sacerdotessa del Dio Drago. La gente di questo mondo le dice che lei è l'unica che può impedire ai demoni di prendere il sopravvento; nel frattempo, i demoni vogliono usare il suo potere per i loro scopi. Fortunatamente, Akane ha gli Hachiyou, otto uomini con poteri propri che hanno giurato di proteggere la Sacerdotessa del Drago.

Il Giappone è diventato una colonia dell’impero della Britannia ed è conosciuto ora come Area 11; i giapponesi vengono ora chiamati Eleven e sono privati di buona parte dei propri diritti. Solo alcuni, per i meriti acquisiti, posso assumete lo status di cittadini britannici onorari, rimanendo comunque un gradino sotto i Britanni, in genere benestanti e spesso sprezzanti verso le classi inferiori. Le vicende partono da una scuola superiore d’elite per cittadini britanni in cui Lelouch passa le proprie giornate annoiato e con pochi stimoli, nascondendo il rancore accumulato negli anni e nato dagli eventi che hanno segnato la sua infanzia, in cui vide assassinare la propria madre e ferire gravemente la sorella, ora cieca e costretta su una sedia a rotelle. Un giorno Lelouch viene gravemente ferito in uno scontro tra militari e ribelli. Quasi sul punto di morte, viene salvato da una strana ragazza che gli dona il potere di assoggettare chiunque riesca a guardare direttamente negli occhi al proprio volere. Lelouch riacquista in questo modo una ragione per vivere: diventare il leader della fazione dei ribelli, Zero, e grazie alle sua abilità strategica e al suo dono iniziare il percorso verso la tanto desiderata vendetta.

Nel cuore dell'Italia, l'Agenzia per la Previdenza Sociale salva le ragazze dai letti d'ospedale e offre loro una seconda possibilità di vita utilizzando le ultime innovazioni cibernetiche. Con i loro corpi artificialmente potenziati, le ragazze vengono sottoposte a lavaggio del cervello e addestrate come assassine per svolgere il lavoro sporco del governo italiano. Nonostante tutte le modifiche, sono ancora solo bambini nel cuore, che lottano per il riconoscimento da parte di coloro che amano, pur sapendo che l'amore che provano è fabbricato. Questa tragica storia si svolge mentre queste ragazze sono alle prese con le loro emozioni in un'agenzia che le tratta come nient'altro che spietate assassine.

Tsukune Aono è un normale studente delle superiori che, per via dei suoi bassi voti, non è riuscito a entrare in nessuna scuola privata. Per un caso fortuito viene ammesso alla accademia Youkai, che però si rivela essere una scuola segreta per mostri e creature mistiche. Qui incontra la bella Moka Akashiha, un vampiro attratto dal profumo del sangue di Tsukune. Nonostante l'appartenenza a razze differenti, i due divengono buoni amici...