Ichiro, un bambino appartenente a una povera famiglia, viene continuamente preso di mira da un bullo del quartiere, Gabara. Il piccolo trova un sostegno morale stringendo amicizia telepaticamente con Minilla, il figlio adottivo di Godzilla, che si trova sull'Isola dei Mostri. Anche lui è angariato da un mostro elettrico, che guarda caso si chiama Gabara. In seguito Ichiro scopre che in un magazzino vicino alla sua casa sono nascosti due ladri, che lo rapiranno. Ichiro, con l'aiuto mentale di Minilla, riuscirà a consegnare i rapinatori alla polizia e riuscirà a battere il suo rivale, mentre sull'Isola Minilla farà combattere Gabara con Godzilla...

Nel Giappone del dopoguerra, i piccoli negozi di quartiere subiscono la spietata concorrenza dei supermercati. Il giovane Koji Morita, sfaccendato rampollo di una famiglia di bottegai, s’innamora della cognata Rieko (vedova del fratello), che gestisce il negozio con l’aiuto di un garzone. La donna, di dodici anni più vecchia di Koji, rifiuta l’amore del giovane e, quando la famiglia Morita decide di sostituire il negozietto con un supermercato, preferisce tornare alla sua città natale.

Una principessa himalayana viene posseduta dallo spirito di una venusiana, scappata dal suo pianeta prima che venisse devastato dal mostruoso King Ghidorah, potente drago spaziale che viaggia nello spazio che attraversa con un meteorite. La principessa, che qualcuno intende assassinare, cerca di avvertire i potenti della Terra, ma non viene ascoltata. Solo nelle fatine-sacerdotesse di Mothra riesce a trovare un aiuto. In quello stesso momento tuttavia fanno la loro comparsa anche Godzilla e Rodan, che cominciano ad attaccare il Giappone...

Degli strani eventi stanno accadendo sulla Terra, come la scomparsa di due ingegneri. Anche l'ammiraglio Kosumi sta per essere rapito. I rapimenti sono opera del fotografo Susumu Hatanaka e del suo assistente Yoshito Nishibe. Ma dietro a tutto questo c'è l'Impero Mu, scomparso dalla Terra 12.000 anni prima, e ricomparso con l'intenzione di colonizzarla nuovamente....

Quando lo spacciatore Misaki scompare lasciando solo i vestiti, la polizia interroga Chikako Arai, la sua ragazza. Un socio di Misaki la rintraccia e la minaccia, anche lui sperando di ricavarne qualche informazione. Ma, poco dopo, il socio scompare nello stesso modo di Misaki. Qualche tempo dopo, il dottor Masada informa la polizia che un gruppo di marinai sono scomparsi in maniera simile. Alcuni testimoni affermano che i marinai sono stati disciolti da una creatura liquida generata da una nube radioattiva, sprigionata dall'esplosione di una bomba atomica. Quando la creatura si manifesta davanti agli occhi delle forze dell'ordine, la polizia, con l'aiuto di Masada e Arai, comincia la caccia al mostro liquido, che si muove nelle fogne di Tokyo. Scoprono che i mostri sono più di uno e, una volta che li hanno individuati, li distruggono dando loro fuoco con la benzina.

Seconda guerra mondiale. In Germania alcuni scienziati hanno ideato un progetto per creare una sorta di superuomo da usare contro gli eserciti nemici. Tuttavia il progetto viene rubato dai giapponesi e diversi anni dopo iniziano a crearlo. Per un errore, i pezzi con il quale costruiscono la creatura vengono colpiti dalle radiazioni e le parti si assemblano componendo Il mostro di Frankenstein che, per via della mutazione, cresce a dismisura. Nel frattempo degli archeologi scoprono in un tempio maledetto l'esistenza di un gigantesco mostro, Baragon, che inizia ad attaccare il Giappone. I giapponesi vorrebbero inizialmente distruggere la creatura di Frankenstein, ma poi optano per un'altra soluzione: farlo combattere contro Baragon per sconfiggerlo. La creatura scappa e si incrocia con Baragon: vi è uno scontro violento tra i due nel quale Frankenstein sconfigge Baragon, ma alla fine i due cadono in una crepa finendo a mare.

L'impresario Kumayama esibisce alla curiosità della gente un gigantesco uovo rivenuto da alcuni pescatori sulla spiaggia di un'isola dopo una violenta tempesta. Egli non sa che l'uovo è sacro per gli abitanti della favolosa Infant Island, esseri di piccolissime dimensioni che venerano la dea falena Mothra e che guardano con ostilità gli uomini, colpevoli, tra l'altro, di inquinare l'ambiente con gli esperimenti atomici. Quando le Sobijin, due fate gemelle, vengono da Infant Island a reclamare l'uovo, Kumayama pensa di aggiungere anche loro alla sua attrazione e tenta di catturarle. Riuscite a fuggire e trovato rifugio in una foresta, diventano amiche di due giornalisti e di uno scienziato "buono" che stanno organizzando un servizio fotografico. Gli uomini promettono di aiutare le due piccole straniere, ma quando stanno per tornare in città scorgono l'immensa mole di Godzilla: il mostro atomico...

Gli alieni Dogora intendono impossessarsi dei diamanti della Terra per estrarre il prezioso carbonio in essi contenuto.