La storia ha come protagonista una ragazza di 17 anni, Suzume, che vive in una tranquilla cittadina del Kyushu. Un giorno incontra un giovane viaggiatore che sta cercando una misteriosa "porta" e decide di seguirlo. Proprio la ragazza scopre l'esistenza di un vecchio portale tra le rovine delle montagne. La leggenda narra l'esistenza di diverse porte collegate tra loro in tutto il Giappone e che la chiusura di una di esse porti terribili sciagure.

Lucy, tornando da una missione con il gruppo (Natsu, Gray, Erza, Wendy, Happy e Charle) incontra Eclair, una ragazza misteriosa accompagnata dal suo amico Momon. Eclair possiede metà di un amuleto antico e ha il compito di portarlo in un posto. Natsu, Lucy, Gray, Erza, Wendy, Happy e Charle accompagnano Eclair e Momon e scoprono che essa è braccata dal principe del regno di Veronica il quale ha assunto una gilda per catturarla. Il principe vuole ottenere l’amuleto di Eclear per unirlo con l’altra metà per risvegliare la fenice e ottenere l’immortalità. Natsu insieme a tutti i suoi amici iniziano una battaglia contro il Principato di Veronica e la gilda Carbuncle per salvare il mondo dalla distruzione della fenice.