Nel febbraio 1999, una serie di omicidi tiene Shiki Ryougi e Mikiya Kokutou col fiato sospeso. Questi crimini hanno un'inquietante somiglianza con una serie di omicidi simili avvenuti nel 1995, quando Shiki e Mikiya si sono incontrati per la prima volta, e risvegliano un oscuro desiderio omicida che da allora è rimasto latente nell'anima di Shiki. Con Shiki sospettata a causa del suo coinvolgimento negli omicidi passati e della sua presunta somiglianza con l'assassino, lei e Mikiya si mettono alla ricerca del vero colpevole. Nel mezzo delle loro indagini separate, Mikiya diventa sempre più preoccupato per il benessere di Shiki e si affretta a trovare il responsabile per proteggere Shiki dai suoi stessi impulsi. Con la pista che riceve da suo cugino, l'investigatore di polizia Daisuke Akimi, Mikiya viene condotto nei bassifondi di Mifune City, poiché la salvezza dell'anima di Shiki sta nella sua determinazione a provare la sua innocenza una volta per tutte.