Ad Okinawa circola una profezia: un giorno arriverà un immenso mostro che rischierà di distruggere la Terra, ma sarà fermato dall'intervento di altri due mostri. La profezia sembra avverarsi quando Godzilla senza motivo attacca il Giappone, arrivando anche a ferire gravemente Angilas, suo compagno in tante battaglie. Nessuno sa spiegarsi tale cambiamento, finché non compare un secondo Godzilla, che attacca il primo smascherandolo: si tratta di Mechagodzilla, gigantesco automa che riproduce le fattezze del Godzilla originale, ed è stato costruito da una civiltà aliena per conquistare la Terra.

Due orribili mostri stanno distruggendo Tokyo e Godzilla, accorso come sempre per difendere la Terra, si trova in difficoltà. In realtà, sotto sembianze umane, gli abitanti della Nebulosa M, non potendo più vivere sui loro pianeti contaminati, hanno deciso di impradonirsi del nostro pianeta. Ecco allora che Godzilla, Gigan, Anguirus, il tricefalo volante spaziale King Ghidorah, Mothra, Rodan, il gigantesco ragno Kumonga, Kamacuras, Minilla, il figlio di Godzilla, e Gorosaurus tornano a combattere per la salvezza del genere umano mentre le forze armate giapponesi si dimostrano, ancora una volta, prive di efficacia nelle azioni difensive.

Il protettore del regno acquatico di Seatopia, un gigantesco insetto chiamato Megalon, viene inviato contro gli esseri umani. Ma per poterlo comandare è necessario rubare l'ultima invenzione del professor Goro Ibuki. Si tratta di un cyborg molto avanzato che però sfugge al controllo degli invasori e si scaglia contro Megalon. Dallo spazio in soccorso di Megalon giunge Gigan. Adesso sono due mostri a combattere contro un solo cyborg ma in suo aito arriva Godzilla.

Nonostante il titolo del film richiami il nome di King Kong, egli non compare realmente nella storia e non è protagonista; il personaggio principale è invece il Titano-Kong. Gli alieni sono nuovamente intenzionati a conquistare la Terra, utilizzando Titanosaurus e una nuova versione del Mechagodzilla. Titano-Kong è stato scoperto dal dottor Mafune, che collabora con gli alieni in quanto essi hanno riportato in vita come cyborg la figlia dello scienziato, Katsura, impiantandole nel cervello i comandi dei due mostri. Titanosauro e MechaGodzilla attaccano Yokosuka, che viene difesa da Godzilla. Ma i due avversari sono troppo forti per Godzilla, che viene sconfitto...

Mr. Tako, presidente di un'industria farmaceutica giapponese, viene a sapere dell'esistenza di una sorta di grossa bacca che cresce sull'isola di Farou e che avrebbe effetti curativi miracolosi. Non solo: pare anche che i nativi adorino un enorme scimmione chiamato King Kong, che nella mente perversa di Tako appare già come il testimonial ideale per i suoi prodotti. Trasferito a Tokyo, King Kong dovrà vedersela col mostro Godzilla, riportato accidentalmente in vita da un cataclisma...

Ichiro, un bambino appartenente a una povera famiglia, viene continuamente preso di mira da un bullo del quartiere, Gabara. Il piccolo trova un sostegno morale stringendo amicizia telepaticamente con Minilla, il figlio adottivo di Godzilla, che si trova sull'Isola dei Mostri. Anche lui è angariato da un mostro elettrico, che guarda caso si chiama Gabara. In seguito Ichiro scopre che in un magazzino vicino alla sua casa sono nascosti due ladri, che lo rapiranno. Ichiro, con l'aiuto mentale di Minilla, riuscirà a consegnare i rapinatori alla polizia e riuscirà a battere il suo rivale, mentre sull'Isola Minilla farà combattere Gabara con Godzilla...

Diane lavora per una multinazionale che ha scelto di lanciarsi nel mercato dei filmati porno a tre dimensioni, rilevando la TokyoAnime, una casa di produzione giapponese. A contendersi la distribuzione di un prodotto che potrebbe sbaragliare qualsiasi concorrenza in internet, entrano in scena la Mangatronics e la Demonlover: ingaggiata come spia industriale dalla prima società, Diane ignora che anche la seconda corporation ha i suoi infiltrati, molto più vicini a lei di quanto sembri.

A prehistoric monster called Gigantis emerges alongside another creature named Angurus.

Una principessa himalayana viene posseduta dallo spirito di una venusiana, scappata dal suo pianeta prima che venisse devastato dal mostruoso King Ghidorah, potente drago spaziale che viaggia nello spazio che attraversa con un meteorite. La principessa, che qualcuno intende assassinare, cerca di avvertire i potenti della Terra, ma non viene ascoltata. Solo nelle fatine-sacerdotesse di Mothra riesce a trovare un aiuto. In quello stesso momento tuttavia fanno la loro comparsa anche Godzilla e Rodan, che cominciano ad attaccare il Giappone...

Mentre in un'isola del Pacifico, il dottor Nelson lavora agli scavi archeologici che proverebbero l'esistenza di King Kong, al Polo Nord il dottor Who costruisce - facendo proprio un progetto di Nelson - una copia meccanica del gigante per utilizzarla nella ricerca dell'elemento X, sostanza radioattiva di infinita potenza. Nei piani di Who, il prezioso e pericolosissimo elemento andrebbe poi venduto a Madam X che lo utilizzerebbe per ricattare il mondo intero ... E' questo soltanto l'inizio di una movimentatissima storia che vede riapparire il leggendario King Kong, forte e pimpante come non mai, ancora una volta alle prese con animali mostruosi, ancora una volta acceso da passione per una bella ragazza.

Il barone Meinster, giovane e affascinante vampiro, è stato rinchiuso nella dimora di famiglia dalla madre e da lei viene rifornito di belle prede. Quando l'ignara Marianne, giovane insegnante alla sua prima esperienza in Transilvania, lo libera dalle sue catene, tocca al leggendario dottor Van Helsing dargli la caccia...

Nell'anno 2000, con l'automobilismo come sport nazionale, si organizza una corsa da costa a costa in cui vince il pilota che investe più pedoni.

Due astronauti (il giapponese Fuji e l'americano Glenn) si dirigono verso un misterioso Pianeta X scoperto vicino a Giove. Improvvisamente vengono attaccati da King Ghidorah, e vengono salvati dagli alieni chiamati Xiliens. Gli alieni spiegano che sono costretti dalle continue incursioni di King Ghidorah (che loro chiamano Mostro 0) a vivere nel sottosuolo. Per questo chiedono ai terrestri di aiutarli: se loro 'presteranno' agli Xiliens Godzilla (Mostro 1) e Rodan (Mostro 2) per combattere il Mostro 0, gli alieni in cambio consegneranno un'assistenza alla loro scienza medica.

Dopo l'apparente sconfitta di Godzilla, il governo giapponese vuole usare alcune ossa di Godzilla per ricostruire il robot Mecha-Godzilla, al fine di usarlo come arma di difesa per il Giappone. Mothra tuttavia si dimostra subito contrariata all'esperimento e minaccia di attaccare l'umanità se ciò dovesse avvenire. Nonostante l'accordo tra i giapponesi e Mothra fosse chiaro, il governo si dirige verso il luogo dove Godzilla era precipitato per prelevarne le ossa. Con grande sorpresa di tutti il dinosauro mutante è ancora vivo e immediatamente distrugge i laboratori dirigendosi verso Tokyo con un solo obiettivo: distruzione totale. Mothra lo affronta ma Godzilla la sconfigge con il suo potentissimo raggio radioattivo. I giapponesi allora ricostruiscono in fretta e furia Mecha-Godzilla e lo scagliano al fianco della farfalla gigante contro Godzilla...

Mentre alcuni scienziati tentano di controllare telepaticamente Godzilla, una stazione della NASA viene attaccata da una strana creatura, molto simile a Godzilla. Il Giappone manda contro questa minaccia il robot Moguera che viene sconfitto facilmente. La creatura atterra su un'isola dove rapisce il piccolo Godzillosauro. Godzilla si lancia alla ricerca del mostro per salvare il piccolo.

Un gruppo di scienziati giapponesi, guidati da Kusumi, si trova da tempo su di un isolotto del Pacifico per effettuare, per conto dell'Onu, un esperimento di ibernazione e verificare pertanto se è possibile per l'uomo mutare le condizioni climatiche nel mondo e rendere così fertili le regioni deserte. Ai ricercatori si aggrega un giornalista, Goro, il quale, benché malvisto all'inizio, riesce poi ad inserirsi nel gruppo. Questi un giorno, durante una passeggiata sulla riva del mare, vede una ragazza, che scompare improvvisamente alla sua vista, e non avendo altre prove la notizia non è creduta dai compagni. Intanto si dà il via all'esperimento, che fallisce per alcune interferenze che impediscono il contatto decisivo. Questi impedimenti sono causati dalle grida di richiamo del figlio di Godzilla, un mostro preistorico racchiuso nel suo uovo che alcune mantidi giganti cercano di rompere.

Nel 1999 un nuovo Godzilla attacca il Giappone, provocando numerose vittime. Il governo giapponese decide allora di costruire un robot dalle fattezze del dinosauro atomico, Kiryu, partendo da cellule spinali estratte dallo scheletro del Godzilla originale, ucciso nel 1954 dal distruttore d'ossigeno inventato dal professor Serizawa. Il robot viene completato quattro anni dopo, nel 2003, in concomitanza con il ritorno di Godzilla. Ma Kiryu, che possiede dentro di sé le cellule di Godzilla, attacca a sua volta l'umanità. Gli umani sono costretti a danneggiarlo per fermarlo mentre Godzilla decide di restare in disparte per il momento.

Il governo giapponese è riuscito a confinare sull'isola Ogasawara tutti i kaiju del pianeta (Godzilla, Rodan, Angilas, Mothra, Gorosaurus, Baragon, Kumonga, Manda, Varan e Minilla), sorvegliati da un gruppo di studiosi e trattenuti da una serie di misure di sicurezza. Improvvisamente, un gas giallo invade l'isola, addormentando uomini e mostri. Subito dopo, i mostri riappaiono in varie metropoli mondiali, devastandole...

Mentre gli scienziati indagano per conto del governo su un meteorite caduto nel mare milioni di anni fa, il "Godzilla Prediction Network (GPN)" è sulla costa in cerca di Godzilla allo scopo di studiarne il comportamento e prevenirne le mosse. Il mostro anticipa qualsiasi previsione emergendo dal mare e scatenandosi come una furia. Il metorite è in realtà un'astronave extraterrestre precipitata in tempi immemorabili e involontariamente riportata in piena efficienza dalle attenzioni degli scienziati e dall'alito atomico di Godzilla. Gli alieni "risvegliati" pensano che una sconfitta del colossale animale aprirebbe loro le porte della Terra e perciò, gli si scatenano contro assumendo le sembianze dell'imbattibile mostro Oruga ...

L'episodio racconta le vicende del lontano avamposto della Federazione a Fort Casey, messo alle strette da un improvviso attacco di insetti. Alla squadra presente sulla nave d'attacco, la Alesia, viene assegnato il compito di aiutare a evacuare John A. Warden, di stanza a Fort Casey, e tutto il resto dei sopravvissuti per portarli al sicuro sulla Terra. Carl Jenkins, ora ministro del Paranormal Warfare, prende la nave per una missione clandestina prima del suo appuntamento con la Alesia e scompare in una nebulosa. I soldati vengono così incaricati di una nuova missione di salvataggio che potrebbe portare a conseguenze molto più sinistre di quello che avrebbero potuto immaginare....